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朱山风

朱山风的个人简介 朱山风,男,复旦大学类脑智能科学与技术研究院副教授,博士生导师。 1996年毕业于武汉大学计算机科学系获学士学位,2003年毕业于香港城市大学计算机科学系获博士学位。2004

朱山风的个人简介

朱山风,男,复旦大学类脑智能科学与技术研究院副教授,博士生导师。

1996年毕业于武汉大学计算机科学系获学士学位,2003年毕业于香港城市大学计算机科学系获博士学位。2004―2008年于京都大学从事博士后工作,2008年起任职于复旦大学上海市智能信息处理重点实验室。

主要研究方向为人工智能与生物医学大数据挖掘,特别是生物医学文本挖掘、蛋白功能预测、宏基因组、药物发现、免疫信息学等。担任UniProt 国际科学顾问委员会委员,中国计算机学会生物信息专业委员会创始委员,中国人工智能学会生物信息与人工生命专业委员会创始委员、中国中文信息处理学会医疗健康与生物信息处理专业委员会创始委员,中国细胞生物学会生物信息与系统生物学分会理事,中国运筹学会计算系统生物学分会理事。

学习与工作经历

1992 - 1996年,武汉大学计算机科学系,学士学位;

1996 - 1999年,武汉大学计算机科学系,硕士学位;

2000 - 2003年,香港城市大学计算机科学系,博士学位;

2004 - 2008年,日本京都大学,博士后;

2008年 - 至今,复旦大学上海市智能信息处理重点实验室,副教授;

现为复旦大学类脑智能科学与技术研究院副教授,博士生导师。

学术任职

UniProt 国际科学顾问委员会委员;

中国计算机学会生物信息专业委员会创始委员;

中国人工智能学会生物信息与人工生命专业委员会创始委员;

中国中文信息处理学会医疗健康与生物信息处理专业委员会创始委员;

中国细胞生物学会生物信息与系统生物学分会理事;

中国运筹学会计算系统生物学分会理事。

科学研究

主要研究方向为人工智能与生物医学大数据挖掘,特别是生物医学文本挖掘、蛋白功能预测、宏基因组、药物发现、免疫信息学等。相关论文在生物信息、人工智能、数据挖掘等顶级国际会议和期刊发表,如 NeurIPS, KDD,IJCAI, ISMB, IEEE Transaction on Cybernetics, Bioinformatics, Nucleic Acids Research等。

代表成果

1.Suyang Dai,Ronghui You,Zhiyong Lu,Xiaodi Huang,Hiroshi Mamitsuka,Shanfeng Zhu*: FullMeSH: improving large-scale MeSH indexing with full text. Bioinformatics. 36(5): 1533-1541(2020)

2. Ronghui You,Zihan Zhang,Ziye Wang,Suyang Dai,Hiroshi Mamitsuka,Shanfeng Zhu*: AttentionXML: Label Tree-based Attention-Aware Deep Model for High-Performance Extreme Multi-Label Text Classification. NeurIPS 2019: 5812-5822(2019)(First Place of BioASQ 8a and 7a)

4. Shengwen Peng,Ronghi You,Hongning Wang,Hiroshi Mamitsuka,Shanfeng Zhu*,DeepMeSH: Deep Semantic Representation for Improving Large-scale MeSH Indexing. Bioinformatics(ISMB2016),2016,32(12)i70-79(First Place of BioASQ 5a and 4a)

5. Ke Liu,Shengwen Peng,Junqiu Wu,Chengxiang Zhai,Hiroshi Mamitsuka,Shanfeng Zhu*,MeSHLabeler: Improving the Accuracy of large-scale MeSH indexing by Integrating Diverse Evidence. Bioinformatics(ISMB2015),2015,31(12): i339-i347(First Place of BioASQ 3a and 2a)

6.Junning Gao,Makoto Yamada,Samuel Kaski,Hiroshi Mamitsuka,Shanfeng Zhu*,A Robust Convex Formulation for Ensemble Clustering. Proceedings of the 25th International Joint Conference on Artificial Intelligence(IJCAI 2016),New York,USA Jul. 2015,AAAI Press,1476-1482

7.Xiaodong Zheng,Shanfeng Zhu*,Junning Gao,Hiroshi Mamitsuka,Instance-wise Weighted Nonnegative Matrix Factorization for Aggregating Partitions with Locally Reliable Clusters. Proceedings of the 24th International Joint Conference on Artificial Intelligence(IJCAI 2015),Buenos Aires,Argentina Jul. 2015,AAAI Press,4091-4097.

8. Lizhi Liu,Xiaodi Huang,Hiroshi Mamitsuka,Shanfeng Zhu*,HPOLabeler: Improving prediction of human protein-phenotype associations by learning to rank. Bioinformatics 36(14)4180-4188(2020)

9. Ronghui You,Shuwei Yao,Yi Xiong,Xiaodi Huang,Fengzhu Sun,Hiroshi Mamituska,Shanfeng Zhu*,NetGO: improving large-scale protein function prediction with massive network information. Nucleic Acids Research,47(W1),W379u2013W387(2019)

10. Ronghui You,Zhihan Zhang,Yi Xiong,Fengzhu Sun,Hiroshi Mamitsuka,Shanfeng Zhu* GOLabeler: Improving Sequence-based Large-scale Protein Function Prediction by Learning to Rank. Bioinformatics 34(14)2465-2473,(2018) (First Place in CAFA3)

11. Ziye Wang,Zhengyang Wang,Yang Young Lu,Fengzhu Sun*,Shanfeng Zhu* SolidBin: improving metagenome binning with semi-supervised normalized cut. Bioinformatics 35(21): 4229-4238(2019)

12. Qingjun Yuan,Junning Gao,Dongliang Wu,Shihua Zhang,Hiroshi Mamitsuka,Shanfeng Zhu*,DrugE-Rank: improving drugu2013target interaction prediction of new candidate drugs or targets by ensemble learning to rank. Bioinformatics(ISMB2016),2016 32(12). i18-27

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