朱凤美一生从事植病防治研究，在开拓中国植物病理学研究事业和农作物防治实践上作出了卓越的贡献。他创制的线虫汰除器，经大面积推广应用，控制了该病的流行。在1950年，农业部授予发明奖；他研究发现小麦拌种时，掺加油粕粉末防治小麦腥黑穗病和秆黑穗病；从油粕中分离出抗生菌能防治作物病害，为农作物防治工作开辟了新的途径。1950年农业部授予他爱国丰产奖状。60年代初期，他提出的“杜绝菌源为中心，秧田期防治为重点”的白叶枯病综合防治方案，首次有效地解决了白叶枯病的防治问题，1978年他被授予全国科学大会奖状。
人民为了表彰他在植物保护研究及生产中的贡献，1956年被授予全国农业劳动模范；并先后被选为江苏省第二届人大代表，第三届全国人大代表。农业部聘他为学术委员会委员。
他备受植物病理学界的尊重和爱戴，曾先后被推选为中国植物病理学会副理事长，江苏省植物病理学会理事长，中国植物保护学会副理事长。1955年，北京农业大学编写的《普通植物病理学》的第一页上刊登着戴芳澜、俞大绂、邓叔群与朱凤美4人的照片，他被公认为中国植物病理学界的奠基人之一。
开发无机农药硫磺、红砒拌种防治黑穗病 30年代小麦秆黑穗病、腥黑穗、燕麦坚黑穗病在中国西北、西南部地区流行。西北各省群众原来多采用饮用酒拌种防治这些病害，但消耗粮食过多。西南各省一般采用温汤浸种，但缺乏温度计，温度无法掌握，推广不易。他从当时当地实际出发，开展硫磺、红砒等农药防治研究，在欧、美学者虽已经证明硫、砒有效，但无法实用于生产的情况下，他解决了不同土壤、湿度下，不同播种时期中的拌种最适药量，与稀释剂等一系列问题，并制订出这两种药物安全有效的种子处理规范化技术，在病区迅速推广。仅据绥远省（现为内蒙古自治区）统计，用硫磺代替饮用酒后，每年可节省谷子达300余万斤。同时，他利用不同融点的蜡质物，设计出一套简易温度计，使群众很容易掌握水温，解决了当时西南各地缺少温度计的实际困难，推进了温汤浸种的全面应用。他从实际出发，创制简单实用的仪具，不断探索简便易行的防治措施，在生产实践上具有重要意义。
创造石灰水浸种法防治种子深层带菌病害 苏联学者蔡来斯基（Zalessky 1935）曾提出水浸无气消毒处理种子防治小麦散黑穗病等种子深层病害，但浸种用水需先煮沸排气，待水回冷后再浸种。其后国内外许多学者亦多注意用水浸种处理，但由于防腐剂问题得不到解决，所以一般认为还不能实用。朱凤美在总结前人水浸无气消毒种子方法的基础上，加用0．5―1．0％生石灰作为防腐剂，在石灰水与空气接触生成碳酸钙膜层后，隔绝空气，加速病菌窒息致死，使水浸无气消毒的理论得到阐明，方法得到完善。此法简便易行，成本低廉，且防治的病害种类多，基本上可防治稻、麦种子带菌的主要病害（如麦类的黑穗病类、稻瘟病、恶苗病等），促进了农村种子处理的普遍推广，成为中国60年代独具特色的种子处理技术。
发明线虫汰除器，首创应用机械防治线虫病 40年代，朱凤美在贵州工作，了解到当地小麦线虫病严重，于是对线虫病开展比较系统的研究。在了解线虫病的分布及为害规律的基础上，绘制成线虫病的全国分布图，为当时制订防治策略，设计防治措施提供了依据。为适应处理大量麦种的需要，他联合机械专家，根据凹孔、分离形状相异的麦瘿的原理，首创线虫汰除器。中华人民共和国成立后，他继续研究改进汰除器，由木质改为铁质，每小时可汰除麦种250―500公斤，汰除虫瘿率达99．9％以上，且可汰除大部分发育不良麦粒以及杂草种子，发挥大粒麦种生产的潜力，仅大粒种子即较一般种子增产10．5％。线虫汰除器的创制，为中国创造了全面防治小麦线虫病的简易技术设备，受到国内外专家重视。他写成专文在美国《植物病理学报》上发表。
证明粪肥是病害的传染源，并开拓生物防治 50年代初，山东小麦腥黑穗病大流行。朱凤美深入山东农村，考察麦病发生情况，发现小麦腥黑穗病与使用土粪有密切联系。又从农民大面积采用粪种隔离（麦种与粪肥隔犁下地）与施用净粪（即油粕）取得控制小麦腥黑穗病发生为害的启示下，进行系统实验，证明小麦腥黑穗病菌可以通过牛马肠胃而继续存活，从而指出：种子、土粪（即牛马粪与土壤混和的一种肥料）是小麦腥黑穗病的传染源。这一论断即纠正了国外学者认为小麦腥黑穗病菌只能种子传染，通过牛、马肠胃不可能存活，土粪不能传病的错误结论，又为当时山东省大面积采用粪种隔离防治小麦腥黑穗病的方法提供了理论依据。他还从利用油粕为肥料，防治小麦腥黑穗病这一事实出发进行了大量的实验，探明油粕防治小麦腥黑穗病的作用。由于油粕施入田间后能产生一批微生物，这些微生物与腥黑穗菌有拮抗关系，因而抑制了腥黑穗菌的萌发侵染，并分离出具有对病原有较高拮抗作用的多种微生物。其中以Ｂ8、Ａ3两种抗菌力最强，除能抑制小麦腥黑穗菌、大麦坚黑穗菌的胞子发芽外，对于丝核菌、赤霉菌等都有较高的拮抗作用。从化学药剂处理种子发展到利用微生物间的拮抗作用，进入生物防治，即生态防治的研究领域。1964年北京电影制片厂邀请朱凤美为技术顾问，将他的研究成果“麦类黑穗病”拍成科教电影，广为传播。开辟农业防治稻瘟病的途径 50年代开始至60年代，朱凤美先后主持华东与全国稻瘟病的防治协作研究，决定以品种和栽培技术为主攻方向。在品种方面，他鉴定了全国各地保存和新选育的品种达10461个，选出了一批抗稻瘟病而又高产的品种，直接投入生产使用。栽培方面，从总结劳模陈永康的“三黄”、“三黑”的丰产经验着手，探索运用水稻高产肥水管理技术，统一多肥足水与稻瘟病和水稻高产之间的矛盾，研究控制稻瘟病发生危害的措施。他还注意品种与施肥之间的工作关系，根据品种的特性施肥，以提高和稳定品种的抗性，发挥品种抗性与高产的潜力。他的《运用水稻高产肥水管理技术防治稻瘟病的实效观察》一文，比较系统地阐述了水稻营养生长规律与稻瘟病侵染为害之间的规律性。这是一篇既具实用价值而又有理论指导意义的文献。国际水稻研究所的来访者亦极赞赏。
突破了白叶枯病的防治方法僵局 水稻白叶枯病是农民长期以来视为水稻的不治之症。在60年代初，对水稻白叶枯病的传病规律尚不清楚，且无可用的高产抗病的品种和有效的药剂进行防治，形势非常严峻。他毅然接受这一研究任务，在总结种子带病研究取得进展的基础上；他们深入常发病区调查研究，同时开展室内试验工作，经过5年集体努力，终于探明病区的病稻草是白叶枯病的主要菌源，水是传病的媒介，秧田期是初次侵染的关键时期。由此提出以“杜绝菌源为中心”（管理病稻草）“秧田期防治为重点”（严防灌溉水淹苗）的综合防治措施，并在病区进行大面积示范防治，经过反复验证表明，这一综合防治措施能有效地控制白叶枯病的发生与发展，从而突破僵局，为后来继续深入开展白叶枯病的综合防治研究创造了条件。
奠定药剂防治纹枯病的基础 随着水稻早栽、多肥、密植的高产栽培技术的推广，纹枯病发生日益加重，并逐渐成为影响水稻持续高产的重要因素。为了适应生产发展的需要，他经过详细调查后，决定以化学保护为主，组织人力，探测有效药剂及有关施用技术，先后测定化学杀菌剂80余种，终于明确有机砷剂是防治稻纹枯病的特效药剂，并制订出有机砷剂在水稻上的安全施药期和有效剂量。70年代中期以后，药剂防治纹枯病普遍推行，并逐渐由砷制剂发展到应用抗生素井冈霉素防治，水稻生产得到进一步发展。
大力推动水稻病毒病的研究和防治工作 1963年，浙江东部稻区水稻新病害突然爆发，上海市郊县亦相继发病，朱凤美率先响应华东科学技术委员会号召，会同王鸣岐、陈鸿逵两教授商讨开展现场调查及组织协作问题。他深入浙江重病区余姚一带调查研究，认为这一病害与当时日本最新报道的黑条矮缩病相似。他提请科委组织江、浙、沪有关科学家分工协作研究，终于在不长的时间内，证实这种病就是水稻黑条矮缩病。其传毒介体为灰稻虱。华东科委为了有效地控制这一病害的蔓延，在浙江义乌县召开了水稻黑条矮缩病现场防治讨论会；随后又在上海市召开了包括全国22个省、自治区、直辖市共160余人的水稻病毒病防治研究讲习班。协作组所召开的这两次会议，朱凤美在会内、会外做了很多工作与细心安排。在此期间，有关稻、麦病毒病的诊断和防治，大都直接或间接地与他的忘我劳动是分不开的。这种对事业认真负责的精神是大家永远不会忘记的。
朱凤美早在30年代，在教学之余即致力于采集植物标本3000余份，进行分类研究。在日本学习期间，曾将在国内采集到的241种植物病害整理成论文―― 《中国的植物寄生菌》 ，并在日本植物病理学年会上进行交流。在浙江昆虫局工作时，他对植物的菌核病进行了系统的调查研究，1932年用英文发表了《中国的菌核病》及《Sclerotiniamiyabeanus于中国境内的发现及其与S.Arachidis之比较研究》等，对中国菌核病的研究与防治都起到了推动作用。
中华人民共和国建立后，他对于植物病害标本的采集和鉴定仍极为重视，每到一地都亲自动手采集植物病害材料，制成干标本或浸渍标本，江苏省农科院标本室保存的3000余份标本莫不贯注着他的心血。他还极度重视全国新的植物检疫性病害的鉴定，如云南水稻的一柱香，安徽大小麦的麦角病，山东的甘薯线虫病等，并收集大量文献写成专题教材在全国植物检疫训练班上讲授。同时根据他多年来采集与鉴定真菌病害的心得，参考国内外有关真菌分类文献，编写出《植病诊断》 、 《真菌分类学提纲》 ，编绘出《真菌分类图册》 。在华东农业技术干部训练班上讲授。这些著作反映了中国60年代的研究水平和发展动向。
他选择课题，不从个人兴趣和专长出发，更不从文献资料中寻找。他早年研究的重点是真菌分类，在浙江昆虫局时曾对菌核病类进行了大量研究工作。但中华人民共和国成立，他到南京工作后，即根据生产需要安排研究课题，先后研究了麦类黑穗病、小麦线虫病、赤霉病、稻瘟病、白叶枯病、纹枯病等影响粮食生产的严重病害，并领导和指导棉病、柑桔病害和植物病毒病等方面的研究工作，重点放在病害防治上，为农作物的高产、稳产服务。
朱凤美从不局限于传统植物病理学进行室内研究所通常采用的微生物学方法和化学方法，而是把生产现场调查、田间试验和室内试验结合起来应用于病害防治研究。如稻瘟病的研究，即在通过田间调查取得病害发生为害规律的大量数据之后，再研究运用劳模陈永康的高产栽培经验，用以控制稻瘟的方法，推动了应用栽培技术控制病害的进展。
在人力安排上，他不仅在本单位组成一支坚强的科研队伍，并且重视组织其它单位人力开展协作研究，共同攻坚。如水稻稻瘟病、白叶枯病、病毒病等的防治都是这样进行的。他还重视与高等院校和其他科研单位之间的联系。为了开展病毒病的研究，他聘请魏景超教授来华东农科所病虫害系主持病毒病研究课题，使该所的病毒病研究从无到有，从小到大，推动了对粮食生产有重大影响的病毒病的防治研究事业。
在病害防治策略和措施上，他克服以往不少学者单纯着眼于消灭病原的片面观点，重视品种、栽培条件和环境因子对于病害发生发展的作用。因此，他不仅重视化学防治、物理防治，而且重视农业防治和生物防治。诸如他试验出多种种子处理方法，创制了线虫汰除器，强调肥水管理和应用抗性品种在稻瘟、白叶枯病防治中的作用，以及研究饼肥防治土传病害等。这是早期综合防治思想的具体体现，也是他理论联系实际，重视调查研究，重视生产的表现。
他从事科学研究工作，严谨周密，对青年同志要求十分严格。每当新的试验开始，他必亲自参加，共同探讨，然后判定试验方案，共同进行工作。当取得结果以后，必经严格考核，才给予肯定。他注重从实践中提高中、青年的研究能力，树立科学态度。当研究工作遇到问题时，则毫不放松，严加分析，寻找原因，设法解决。例如石灰水浸种遇到阴雨天气，麦种发芽出现问题。他总是十分冷静，又很虚心地再一次进行实验，最后得出以拌草木灰的简易方法，吸收水分予以控制。还继续试验，明确气温与浸种天数之间的关系，使操作规程日臻完善。
朱凤美重视在研究工作中培养干部，同时还重视业余培养和脱产培养。他经常不厌其烦地亲自编写、打印教材，帮助同志查阅文献资料，熟悉试验技术。
50年代他先后派出有关同志到大学、科研单位学习植物病毒、线虫、微生物实验技术，以提高干部的学术和业务水平。他兼任华东农林水利部农林干部学校植保训练班主任、植物检疫训练班主任时，亲自主讲植物病理学基础课，经常备课到深夜。一次由于通宵未眠，体力不支，以致跌倒，但他仍挣扎起来，坚持讲完全课程。这种认真负责，严格要求自己的精神，深受同学敬佩。
朱凤美一生为祖国的植保事业呕心沥血，鞠躬尽瘁，曾次受到中央领导接见。“文化大革命”期间，他和其他科学家一样，受到了冲击，但仍以惊人的毅力努力工作。在他逝世前的最后30分钟，桌上还展开尚未读完的一页书，钢笔尖上尚留着书写未尽的墨水滴。他作为中国植病界的奠基人之一，以及他在病害防治和在农业生产上所做出的卓越贡献，将永远镌刻在中国植保业绩的丰碑上。
