祖籍中国福建福州,父福州人,母基隆人。1947年出生于台北市,后迁居宜兰。曾就读于成功大学工程系一年和辅仁大学哲学系一年,最后在1968年转入国立台湾大学哲学系就读,但因坚持不选修国父思想课程而未能毕业。
1981年后,开始成为自由作家,为当时的《深耕》和《政治家》等党外杂志撰稿。1984年3月12日,创办《自由时代周刊》(李敖总监,社长陈水扁),并申请18张杂志执照,使《自由时代周刊》一旦被查禁时,得以继续发行新刊物。1986年发动“519绿色行动”,抗议国民党政府,并于同年加入台湾民主党。
1986年6月2日,被当时的台北市议员张德铭控告违反选罢法,郑南榕入狱。1987年1月,郑南榕出狱。
“国民党抓不到我的人,只能抓到我的尸体”,郑南榕后在他的《自由时代》刊载鼓吹台独分裂的“台湾宪法草案”,被控叛乱,1989年4月7日宪警欲拘提,他在杂志社内自焚身。
郑南榕的妻子 叶菊兰原在广告公司担任专业主管,但在自焚事件后转换职场跑道,并投入1989年 立法委员选举,且之后连任四届立委。2000年,民进党执政后,先后担任交通部长、客家委员会主委、 行政院副院长、 国民大会主席团主席、 高雄市代理市长和 总统府秘书长等。
郑南榕自焚时中华民国政府在政策上处于民主与独裁中间,尽管在政府主导下仍然发生数起压制反对派的情况,但是也逐渐放宽相关的管制措施。这次事件获得许多台湾新闻媒体的广泛报道但是并没有将其作为重要新闻看待,而在第一时间许多媒体受到中国国民党的影响仍然主要以“叛乱”、“投掷汽油弹”的角度报道,试图塑造这件事情为一起意外或者是郑南榕试图攻击警方。例如当天下午《 联合晚报》便报道:“郑南榕在引燃汽油弹后,似已呈疯狂状态,除向警方攻击外,也对当时在场的时代杂志其他同仁攻击……”而参与拘捕行动的刑事巡官邓巽升在接受采访时也公开表示“面对一位未知数的狂徒,直叫人胆寒”,另外担任立法委员的 赵少康更表示认为社会应该对于自焚行为给予谴责。
之后媒体才开始对于以“自焚”作为主要的报道内容,甚至质疑警方故意纵火烧死郑南榕或者借由放火的方式焚烧证据。不过曾在现场采访的《 中华日报》记者范立达在其2003年部落格上提到杂志社里确实有使用汽油弹攻击警方,表示这随即引来现场混乱而导致包含警察与消防人员在内有多人因而受伤;同时他也提到当时法务部调查局便已经派人掌握有关杂志社的密切讯息,并且当时研判郑南榕可能会自焚但是认为并不一定真的会施行。而 李敖在电视节目《 李敖有话说》时同样也提到类似说法,并且表示:“在警察冲上来的时候,他丢出了汽油弹要拒捕,把现场搞的混乱,房子就着火了。
《时代观点》(三册)
《郑南榕研究》, 李敖编著
《台湾文艺117》-悼念郑南榕专辑