1984年毕业于中国人民银行研究生部；1985年任中国人民银行金融研究所应用理论研究室副主任；1988年任《金融时报》社副总编辑；1991年任中国人民银行金融体制改革司副司长；1994年任中国人民银行政策研究室主任；1995年任国家外汇管理局副局长；1998年4月，任国家外汇管理局局长；1998年11月，任中国人民银行上海分行行长；2000年2月任中国人民银行副行长；2000年6月，任中国人民银行副行长兼国家外汇管理局局长；2001年4月任中国人民银行副行长。2004年，央行加息成为金融界焦点话题，吴晓灵也多次就加息问题发表言论，成为热点人物。10月入选美国《华尔街日报》全球最值得关注的50位商界女性之“有潜力升任组织领导的女性”第18位。
