酵母菌是黄酒酿造中起主要发酵作用的微生物。酵母菌的种类很多，在酿酒工业中应用的酵母菌有酒精酵母、产酯酵母、白酒酵母、葡萄酒酵母、果酒酵母、啤酒酵母、黄酒酵母等等。各种酵母菌的形态、培养条件和特性按其种类不同，各有差异。
在传统黄酒酿造中，酵母菌主要存在于酒药中。新工艺黄酒生产主要采用纯种酵母，即从酒药或酒醪中分离筛选获得优良菌种，用于生产。对酒药的研究表明，传统黄酒发酵是多种酵母菌的混合发酵，而不是单一酵母菌作用的结果，这些酵母菌特性各有不同。酵母菌株在黄酒酿造中具有举足轻重的地位，尤其是对酒的香味形成起决定性作用，往往是一种酵母菌一种酒味。酿酒酵母主要是把可发酵性糖代谢生成乙醇，除此以外，还会代谢少量的乙酸、琥珀酸等有机酸，对酒的口味产生重要影响。
黄酒酿造中除酿酒酵母外，还存在假丝酵母、毕赤酵母、扣囊复膜酵母、汉逊德巴利酵母等，这些酵母虽然不是黄酒酿造的主要菌种，但对黄酒风味的形成也有一定作用。
