南直隶：元属江浙行中书省、淮南江北行中书省、河南江北行中书省。
龙凤元年（元至正十五年，1355）太平路改置太平府；
龙凤二年（1356）集庆路、镇江路、广德路分别改置应天府、江淮府、广兴府；同年宋置江南行中书省，治应天府，辖应天府、太平府、江淮府、广兴府、常州路、扬州路、庐州路、安庆路；同年江淮府更名镇江府；
龙凤三年（1357）常州路改置长春府，寻更名常州府；宁国路、徽州路分别改置宁国府、新安府来属；扬州路改置淮海府；
龙凤六年（1360）信州路改置广信府，与铅山直隶州来属；
龙凤七年（1361）宁国府更名宣城府；池州路改置九华府，寻更名池州府来属；安庆路改置宁江府；淮海府更名维扬府；饶州路改置鄱阳府来属；
龙凤八年（1362）宁江府更名安庆府；鄱阳府更名饶州府，与广信府、铅山直隶州另属江西行省；
龙凤十年（1364）置中书省，省江南行省入，所辖直属中书省，俗称直隶；同年置江淮行中书省，治庐州府，庐州路改置庐州府来属江淮行省；
龙凤十二年（1366）维扬府、宣城府分别更名扬州府、宣州府；淮安路、高邮府、安丰路来属江淮行省；同年省江淮行省入中书省，同时安丰路、淮安路分别改置寿春府、淮安府；同年湖州路、嘉兴路分别改置湖州府、嘉兴府来属；
吴元年（1367年）寿春府降散州，濠州升临濠府；新安府、宣州府分别更名徽州府、宁国府；平江路改置苏州府，与松江府来属；
洪武元年（1368）高邮府降散州；同年定应天府为南京，为国都；
洪武二年（1369）定临濠府为中都，泗州、寿州分别升泗州直隶州、寿州直隶州；
洪武四年（1371）泗州直隶州、寿州直隶州俱降散州；广兴府降广德直隶州；
洪武六年（1373）临濠府更名中立府；七年（1374）中立府更名凤阳府；
洪武十一年（1378）改南京为京师；
洪武十三年（1380）废中书省，中书省直辖府州改为直属六部，仍俗称直隶；
洪武十四年（1381）徐州升为徐州直隶州；湖州府、嘉兴府另属浙江行省；
洪武二十二年（1389）和州、滁州分别升和州直隶州、滁州直隶州；
永乐十九年（1421年）改京师为南京，直隶改称南直隶；
洪熙元年（1425年）复改南京为京师；
正统六年（1441年）复改京师为南京；
万历末年常州府更名尝州府。
行政区划应天府府治在今江苏省南京市
辖附郭县：上元县、江宁县
其他辖县：句容县、溧阳县、溧水县、高淳县、江浦县、六合县
凤阳府府治在今安徽省凤阳县
辖附郭县：凤阳县、临淮县
其他辖县：怀远县、定远县、五河县、虹县
属州及其辖县：寿州（霍丘县、蒙城县）；泗州（盱眙县、天长县）、宿州（灵璧县）、颍州（颍上县、太和县）、亳州
淮安府府治在今江苏省淮安市淮安区（原县级淮安市）
辖附郭县：山阳县
其他辖县：清河县、盐城县、安东县、桃源县、沭阳县
属州及其辖县：海州（赣榆县）、邳州（宿迁县、睢宁县）
扬州府府治在今江苏省扬州市
辖附郭县：江都县
其他辖县：仪真县、泰兴县
属州及其辖县：高邮州（宝应县、兴化县）、泰州（如皋县）、通州（海门县）
苏州府府治在今江苏省苏州市
辖附郭县：吴县、长洲县
其他辖县：吴江县、昆山县、常熟县、嘉定县
属州及其辖县：太仓州（崇明县）
松江府府治在今上海市松江区
辖附郭县：华亭县
其他辖县：上海县、青浦县
常州府府治在今江苏省常州市
辖附郭县：武进县
其他辖县：无锡县、宜兴县、江阴县、靖江县
镇江府府治在今江苏省镇江市
辖附郭县：丹徒县
其他辖县：丹阳县、金坛县
庐州府府治在今安徽省合肥市
辖附郭县：合肥县
其他辖县：舒城县、庐江县
属州及其辖县：无为州（巢县）、六安州（英山县、霍山县）
安庆府府治在今安徽省安庆市
辖附郭县：怀宁县
其他辖县：桐城县、潜山县、太湖县、宿松县、望江县
太平府府治在今安徽省当涂县
辖附郭县：当涂县
其他辖县：芜湖县、繁昌县
池州府府治在今安徽省池州市
辖附郭县：贵池县
其他辖县：青阳县、铜陵县、石埭县、建德县、东流县
宁国府府治在今安徽省宣城市
辖附郭县：宣城县
其他辖县：南陵县、泾县、宁国县、旌德县、太平县
徽州府府治在今安徽省歙县
辖附郭县：歙县
其他辖县：休宁县、婺源县、祁门县、黟县、绩溪县
徐州州治在今江苏省徐州市
其他辖县：萧县、沛县、丰县、砀山县
滁州州治在今安徽省滁州市
其他辖县：全椒县、来安县
和州州治在今安徽省和县
其他辖县：含山县
广德州州治在今安徽省广德县
其他辖县：建平县
辩误综述
南直隶
明朝的南、北直隶是一种特殊的存在，很多人都把南、北直隶认为是一种政区，其实是一种很大的误解。南北直隶的府和直隶州与十三布政使司一样，都是直接归中央六部管辖的。南直隶是南京及附近府和直隶州的统称；北直隶则是京师及附近府和直隶州的统称，南直隶不等于应天府，北直隶不等于顺天府。这个误解就和把湖北省的江汉地区理解成一个政区一样。
江汉地区只是一个统称，包括仙桃、潜江、天门三市，三市都是县级市，都直属湖北省。
南北直隶也一样，只是两个统称，北直八府二直隶州，南直十四府四直隶州，都是府级，也都直属中央六部。
当然，二者之间还是有些不同的，如江汉地区有共同的中院，而南北直隶各府州的上级司法机构就是刑部了。
注解及历史缘由
南北直隶本身没有官署、没有机构、没有行政长官，顺天府、应天府虽然是京府，但也还是府级，府尹是不能管其他府州的。没官署、没机构、没长官自然就不能称之为政区了。
实际上，直隶用于现在的话说，就是“直接管辖的区域”，北直隶的意思就是“北边（中央）直辖的区域”。
其实这一制度还源自元朝，我们的地图上一般把元朝中书省直辖区域就用“中书省”表示，元朝的中书省用现在的话说，就是“国务院”。元朝对这一区域则用“腹里”一词表示，明朝改用“直隶”表示。
后来撤消北平布政、按察两司后，原直隶改称南直隶，简称南直；而北平两司原辖区域也是直辖区，因此称为北直隶，简称北直。（同时撤消的还有北平都司，原辖卫所也由后军都督府直隶了）
至于《明史》中的京师、南京严格的说也是错误的，因为京师指京师城，南京指南京城，它们本身也都不是政区。只能说用京师代指北直、用南京代指南直。
从“道”来分析
南北直隶也有巡道和守道，但正因为南北直隶不是政区，所以各道的参政、参议、副使、佥事们只能挂靠在邻近的两司。其中：
北直隶密云、大名、天津、霸州四道，由山东带管；易州、口北、昌平、井陉、蓟州、永平等六道，由山西带管。
南直隶太仓、颍州、徐州三道，由山东带管；苏松、漕储、常镇、庐凤、徽宁池太、淮扬六道，由浙江、江西、湖广带管。
从中央户部的职权分析
户部：明朝户部分十三清吏司，按布政司划分，每个清吏司管本布政司的事务，另兼管中央部门、南京部门、都司卫所、五城、特殊机构如盐司粮仓税关等和南北直府州的事务。其中：
北直八府二州事务归福建司管（福建司还管福建八府一州，福建都司、行都司、大宁都司、万全都司等事务，基本上北直事务也都归福建司管了，当然还管一些重要粮仓等）。
南直十四府四州事务归四川司管（四川司还管四川的府州、四川都司、行都司、中都留守司等事务，基本上南直事务也都归四川司管了）。
到了清朝，直隶省（于北直设立）事务仍归福建司；设江南省后，江南省（于南直设立）事务才划归新设的江南司管。
从中央刑部的职权分析
刑部：明朝刑部和户部一样，分十三清吏司，按本按察司（和布政司分区相同）划分，每个清吏司管本按察司的事务，另兼管中央部门、南京部门、都司卫所、王府、五城、特殊机构如盐司等和南北直府州的事务。其中：
北直顺天、永平、广平三府归云南司管，保定、河间、真定、顺德四府、保安州归贵州司管，大名府归四川司管，延庆州归广东司管。
南直应天府归广东司管，淮安、扬州二府归河南司管，安庆、徽州二府归广西司管，宁国、池州二府归湖广司管，苏州府归贵州司管，松江府归四川司管，庐州府归江西司管，太平府归陕西司管，凤阳府、滁州归山东司管，镇江府、徐州归山西司管，常州府、广德州归福建司管，和州归浙江司管。
其中广东、贵州、四川三司同时管有南北直的府州。
到了清朝，直隶省事务划归新设的直隶司；江南省事务划归新设的江南司，分成江苏、安徽二省后，也将江南司分成江苏、安徽两司。
从中央监察御史的职权分析
监察御史：明朝监察御史分十三道，按布按两司划分，每道管本司事务，另兼管中央部门、南京部门、都司卫所、王府、五城、特殊机构如盐司、土司等和南北直府州的事务。其中：
北直顺天、永平、广平三府归云南道管，保定、真定二府归广西道管，河间、顺德二府、保安州归贵州道管，大名府归河南道管，延庆州归广东道管
南直应天府归广东道管，常州、池州二府归福建道管，安庆、徽州归广西道管，镇江、太平二府归山西道管，凤阳府、徐、滁二州归山东道管，松江府、广德州归四川道管，苏州府归贵州道管，扬州府归河南道管，庐州府归浙江道管，淮安府归江西道管，宁国府归湖广道管，和州归陕西道管
其中广东、河南、广西、贵州四道同时管有南北直的府州。
到了清朝，直隶省事务划归河南道，后划京畿道；江南省事务划归新设的江南道。
结语
这从上面可以看出来，在区域涉及地方具体事务的中央衙门中，南北直各府州都是由中央直管的，而且每个部门管得还不一样。
