成立之初定名为南京市哲学社会科学联合会，1995年11月25日变更为现名。南京市社科联属市委领导下的人民团体，是南京市社会科学类学术性社会团体的业务主管部门，也是市委、市政府联系全市社科界的桥梁和纽带。基本工作职能：受市委委托承担对南京市社会科学类学术性社会团体（学会、协会、研究会、区县社科联、社会科学普及基地等）的业务主管、服务和监督职能，促进和加强学术团体之间、学科之间的联系与合作；组织开展各种形式的国内外学术团体和哲学社会科学工作者的学术交流活动；向市委、市政府报送研究成果、对策性建议，受市政府委托承办全市社科优秀成果评奖工作；组织和推动全市社会科学知识普及工作，并提供相关的咨询服务；编辑出版社科类学术刊物；反映哲学社会科学工作者的要求，维护其正当权益；承办市委、市政府交办的其他事项。
主要机构市社科联成立至今，已历经七届。第七届代表大会于2009年12月15日召开。大会选举委员152人，其中常委67人。社科联机关领导有主席、专职副主席4人，下设办公室、科研管理处、学会工作处、科普工作处和《南京社会科学》杂志社等日常办公机构。
机构规模南京市社会科学界联合会
属市社科联业务指导的学会、协会、研究会等共73家，会员近8万人，其中业务主管的学会65家，单位会员8家。玄武区社科联为南京市首家区社科联，于2007年3月9日成立。之后，白下区社科联、南京市青年社科联分别于2009年12月11日和2010年元月24日成立。从2005年起，市社科联成立了南京市社科联科普讲师团，在仙林外国语学校和南京金陵图书馆等建立了社会科学普及基地。1996年，南京市社科联由行政编制改为事业编制（16名），实行事业单位的职称、奖金、工资等人事管理制度，内设办公室、学术学会处。1998年，南京市社科院正式组建以后，社科联与社科院合署办公。同时，南京市社科联恢复行政编制（8名），参照国家公务员制度管理。2002年机构改革，南京市社科联、社科院人员核定编制为26名，其中市社科联专项编制12名，参照国家公务员制度管理，市社科院全额拨款事业编制14名。2005年以后，根据接收军转干部和工作需要，陆续又增加了内设机构和人员编制，2007年9月，南京市社科联社会科学普及工作处挂牌。目前，南京市社科联行政编制20名，行政附属编制4名；社科联驻会主席、专职副主席共4名。
历届社科联南京市社会科学界联合会
第一届：1984年7月10～11日，市社科联第一次代表大会暨成立大会在北极会堂召开，144位代表参加了会议。会议选举产生了第一届理事会和常务理事会，市委副书记刘平当选为市社科联主席，胡立峰、孙伯鍨、李振坤、钱树柏为副主席，陈正奎为秘书长。南京市社科联自此成立。第二届：1988年11月1日，市社科联召开第二次代表大会，200位代表参加了会议。会议选举产生了第二届理事会和常务理事会，刘平同志为社科联名誉主席，李之荣当选为市社科联主席，孙伯鍨、陈安吉、陈达济、李一敬、陆剑杰、易宏仁、钟永一、钟章润为副主席，陆剑杰为常务副主席，陈正奎为秘书长。
第三届：1992年6月25日，市社科联召开第三次代表大会，180位代表参加了会议。会议选举产生了第三届委员会及其常务委员会，市委副书记胡序建当选为市社科联主席，虞煜星、王启培、李一敬、陈正奎、陈安吉、陈达济、陆剑杰、周玉锠、洪银兴、钟章润为副主席，陆剑杰为常务副主席，孙尔台为秘书长。
第四届：1995年11月25日，市社科联召开第四次代表大会，200位代表参加了会议。会议选举产生了第四届委员会及其常务委员会，市委副书记、市人大常委会主任胡序建再次当选为市社科联主席，刘钰、乔焕荣、吴吟涛、汪锡奎、陈正奎、金琳琳、周直、洪银兴、钟章润、徐耀新、龚惠庭、蒋裕德为副主席，周直为常务副主席，孙尔台为秘书长。本次代表大会通过将市社科联全称改为“南京市社会科学界联合会”。
南京市社会科学界联合会
第五届：1999年12月29日，市社科联召开第五次代表大会，160位代表参加了会议。会议选举产生了第五届委员会及其常务委员会，市委副书记汪正生当选为市社科联主席，王小锡、冯宝椿、吕德雄、刘钰、何佳泉、汪锡奎、张异宾、陈卫红、陈正奎、陈胜利、金琳琳、周直、周福龙、钟章润、徐康宁、曾向东为副主席，周直为常务副主席，陈正奎兼任秘书长。第六届：2004年12月29日，市社科联第六次代表大会暨市社科联二十周年庆祝大会在南京国际会议中心隆重召开，200多位代表参加了会议。会议选举产生了第六届委员会及其常务委员会，叶南客当选为市社科联主席，王小锡、吕德雄、何亦农、何佳泉、张颢瀚、汪锡奎、陈圻、陈正奎、周宪、孟晓文、郑加强、金钟、胡迎春、黄玉银、徐康宁、曾向东为副主席，陈正奎兼任秘书长。在六届三次常委会上，龚康宁同志当选为秘书长。在2007年社科联六届五次常委会上，王道德、陈如、李程骅三名同志当选为市社科联副主席。
第七届：2009年12月15日，市社科联在双门楼宾馆召开了南京市社科界第七次代表大会。出席会议的有南京地区各高校、科研院所、各社科类学会、协会、研究会、社科普及讲师团成员、科普基地和市级部门及各区县的代表近300名。中共江苏省委常委、南京市委书记朱善璐同志出席了大会并作了重要讲话。大会选举产生了市社科联第七届委员会的委员152名，社科联第七届委员会常务委员、副主席、主席等67名，叶南客同志当选为市社科联第七届委员会主席。
