朝鲜半岛拥抱西方文化的历史可追溯至17世纪初出使明朝的使节，以李晬光、郑斗源、许筠、李光庭为代表，他们接触了北京的天主教传教士利玛窦等人，带回了许多汉译西方书籍及红夷炮、千里镜、自鸣钟、坤舆全图等新事物，并记录了他们对欧洲文明的见闻与感知，由此给朝鲜注入了一股新鲜的空气，使朝鲜知识界兴起了钻研“西学”的思潮。朝鲜后期实学思想家安鼎福记载：“西洋书自宣庙（朝鲜宣祖）末年，已来于东。名卿硕儒，无人不见，视之如诸子道佛之属，以备书室之玩”。到了清朝时期，北京的天主四堂更成为朝鲜燕行使节频繁光顾之处，助长了国内的“西学”风气，李瀷、安鼎福、丁若镛等实学家都是代表性的“西学”研究者，洪大容、朴趾源、朴齐家等北学派人士亦对“西学”抱极大兴趣。在朝鲜人接触西方、钻研“西学”的过程中，不可避免地面临天主教的问题。最早接触西方文化的朝鲜使节无疑已触及天主教义，如李晬光在其著作《芝峰类说》中介绍《天主实义》，而许筠则可能已深入了解天主教。随着对“西学”研究的日益深入，朝鲜的“西学”研究者对天主教的态度也出现分化。安鼎福、慎后聃等星湖（李瀷）学派弟子以及北学派人士对天主教持批判态度，而李檗、李承薰、丁若镛、丁若钟、丁若铨三兄弟及权哲身、权日身兄弟等人则从“补儒”的角度接纳天主教，并逐渐产生了天主教的信仰。
朝鲜的天主教信仰可以说是通过燕行使节的见闻及带来的事物而自发产生的。从1556年到1650年间，西方曾多次试图向朝鲜传教，但都没能成功。而据朝鲜正祖时的一些儒臣上疏所言，仁祖、肃宗和英祖年间，民间就已传播天主教，但情况不明，很有可能是这些上疏者将其他民间信仰与天主教混为一谈。天主教信仰真正在朝鲜生根发芽则归功于一些最早接纳天主教的知识分子，他们“一生读中国圣人之书，一朝相率而归于异教”。1777年（朝鲜正祖元年）秋，权哲身、丁若铨等在京畿道走鱼寺讲学，修习天主教义，正式开启了朝鲜天主教信仰之门。1784年初，以冬至使书状官身份出使中国的天主教接纳者李承薰在北京受洗，成为朝鲜国的第一个天主教徒。他回国时暗中携带大量天主教书籍及圣画、圣像，并为李檗、权日身进行洗礼，到1784年秋已有数十人受洗，朝鲜教会由此形成了。在朝鲜天主教信仰形成有如下一些特点：首先不是由西方传教士直接传教所致，而是本土知识分子间接了解以后所自动产生的；其次是没有圣职者入国传教，自发建立教会，亦是世界传教史的一大特色；第三是朝鲜早期天主教信徒基本都是南人出身的实学知识分子，这种党色的特性也为后来的“辛酉邪狱”埋下伏笔。
朝鲜教会最开始是“假圣职制度”（自封圣职），北京教区得知后加以制止，并在1790年派澳门人吴约翰赴朝鲜，曾抵达中朝边境的凤凰城，但未得朝鲜教徒迎接而折返。1793年，权哲身派燕行使中的译官信徒尹有一、池璜再次恳请派神父，于是北京教区又派中国苏州人周文谟神父入朝主持教会，在中朝边境滞留10个月后，得到尹有一、池璜等人的迎接并化装成朝鲜人，于1795年初潜入朝鲜境内，于是朝鲜教会终于有了圣职人员（最早的朝鲜神父是后来的金大建）。
正祖朝禁教政策在地下兴起的朝鲜天主教会很快便暴露了。1785年春，由于李檗等一干天主教徒频繁聚会，行动诡秘，为刑曹（秋曹）官吏所警觉，他们闯入教徒们的聚会场所——汉城（今首尔）明礼洞中人译官金范禹家，搜出了耶稣像及大量天主教书籍，是为“
乙巳秋曹摘发事件
”。大臣纷纷上疏攻击天主教为“邪教”，最后朝鲜政府采取宽大处理，李檗、李承薰等迫于压力而背教，只有出身中人、提供场地的金范禹被捕并处以流放之刑，不久后他因拷问时落下的病痛而死去，成为朝鲜第一个殉教者。朝鲜的天主教会很快死灰复燃，并快速发展。1786年，李承薰复建教会，并封权日身为主教，崔昌显等人为神父，建立了一套“假圣职制度”。1787年冬，李承薰、丁若镛等在泮村（成均馆区域）秘密传授天主教，被成均馆儒生李基庆、洪乐安等发觉，但侥幸未被朝廷得知，是为“
丁未泮会事件
”。李承薰等人通过1786年和1787年两次燕行使中的教徒尹有一将朝鲜教会情形告知北京主教汤士选，汤士选指示不能擅自建立圣职制度，并称祭祖乃迷信行为，应予中止。于是李承薰等人废除了假圣职制度，等待神父入朝，并令教徒停止祭祖。1791年，全罗道珍山的天主教徒尹持忠（丁若镛、丁若钟的外从兄弟）的母亲去世，他与其从弟权尚然进行埋葬后不设神主，不行祭祀，尹权两人被洪乐安告发后处以死刑，李承薰、权日身受牵连分别被流放全罗道礼山和济州岛（权日身死于途中），是为“
辛亥珍山事件
”。1795年夏，有背教者韩永益告密周文谟入朝事，预知此事的信徒崔仁吉护送周文谟避居忠清道连山的李步玄家中，自己则扮作神父，与尹有一、池璜一同被捕，接着三人被打死于捕盗厅中。数月后，周文谟又潜居于汉城女信徒姜完淑家中，继续传教。
朝鲜是崇尚儒学的国度，朝鲜正祖也是程朱理学的忠实笃信者，自然无法容纳天主教的存在，自一开始就认定其为“邪教”。然而，虽然正祖年间发生了一系列逮捕天主教徒的案件，但正祖始终没有展开大规模搜捕与镇压天主教的行动，他反复强调“正学明则邪说息”，认为“予意则使吾道大明，正学丕阐，则如此邪说可以自起自灭”，他把天主教看作是陆王心学、佛教道教一类，认为无需厉行禁止，只要儒生熟读儒家经典、不看杂书，便可迎刃而解。因此正祖禁教的手段是弘扬性理之学，加大对从中国进口书籍的管控，严禁士人阅读明末清初文集和稗官小说，并焚毁相关书籍。正祖亲信的左议政（后为领议政）蔡济恭虽也声称反对“邪教”，但又说“禁之之道亦难矣”，并把天主教归为“佛道中派别”，并不十分重视，因此也认为天主教“必当自起而自灭，恐不足过费圣意矣”。所以，尽管当时不断有大臣上疏请求镇压天主教，正祖却不予受理，只在告发的情况下加以惩治，并尽量避免事态扩大化，特别是蔡济恭出身南人，更是对多为南人的天主教徒曲加庇护，并未演变为大规模的镇压行动，天主教也处于不断发展之中。
时僻党争“辛酉邪狱”的发生离不开当时的朝鲜政局。朝鲜在英祖前分为老论、少论、南人、北人四派党，而北人、南人已相继失势，朝鲜英祖继位后又采取“荡平政策”，一度平息了党争。但1762年的“壬午祸变”又使朝廷分为“时派”和“僻派”，明争暗斗。壬午祸变为思悼世子（庄献世子）被英祖活活饿死的事件，朝中同情庄献世子的为时派，支持英祖的为僻派。1776年庄献世子之子朝鲜正祖继位，时僻党争更加激烈。当时老论中的洪凤汉、金祖淳，南人中的蔡济恭及少论李晚秀、李时秀等人为“时派”，以朝鲜正祖为靠山；老论中的金龟柱、洪麟汉、沈焕之及南人中的洪义浩、睦万中等人为“僻派”，以英祖妃贞纯王后金氏为靠山。信仰天主教的李承薰、李家焕、丁若镛等南人及老论金健淳均属于“时派”。
正祖即位后偏袒时派、打压僻派，并流放了贞纯王后的哥哥金龟柱。贞纯王后为首的僻派虽有所削弱，但因势力强大而仍立足于朝廷，并对时派怀恨在心，谋划有朝一日反攻倒算。而时派中有很多信仰“邪教”天主教的南人，这正好给僻派以打击时派的口实，随着蔡济恭和朝鲜正祖相继在1799年和1800年过世，僻派终于掌权，并以铲除天主教为名义对时派进行打击报复。
经过1795年周文谟入朝时，已有4000名天主教徒，经过周文谟的几年努力，辛酉邪狱前夕朝鲜教徒发展到10000人，遍及朝鲜各个阶层，其中包括王族恩彦君的妻子宋氏和儿媳申氏以及一些宫人。1800年夏，朝鲜正祖突然去世，年仅11岁的王世子李玜继位，是为朝鲜纯祖，大王大妃金氏（贞纯王后）垂帘听政，僻派再度得势，并对时派磨刀霍霍。发生辛酉邪狱的原因，正是天主教与传统价值观的冲突加上时僻党争的共同作用，这一点在当时的信徒黄嗣永给教廷上的帛书中写得很清楚：“东人之毒害圣教，非人性之酷虐也，实有二故，一则由党论甚盛，藉此为挤陷之资也；一则由闻见孤陋，所知者惟宋（宋学）耳，少有不同之行，则看作天地间大变怪”，又谓“及先王薨，嗣君幼，大王大妃金氏垂帘听政，大王大妃即先王之继祖母，本系僻派中人，本家曾为先王所废，因此积年怀恨而莫能泄。意外临朝，遂挟僻派而肆毒，庚申十一月先王葬礼过，即将一班时派尽行放逐，朝内半空，从前害教之恶党素与僻派相连，见时势大变，哗然并起，有大举之势”。后世的李能和进一步指出：“纯祖辛酉教狱事，僻派西人即焕（沈焕之）、观（金观柱）、裕（权裕）、淳（金达淳）等实主之，而其里面有大王大妃金氏”。
1801年（朝鲜纯祖元年，辛酉年）正月初十，贞纯王后金大妃颁布教旨，申明天主教为“无父无君”、“毁灭人伦”、“背驰教化”的邪教，下令全面肃清天主教徒，揭开了“辛酉邪狱”的序幕。教旨全文是：
“先王每谓正学明则邪学自熄，今闻所谓邪学依旧，自京至于畿湖，而日益炽盛云。人之为人，以有人伦；国之为国，以有教化。今之所谓邪学，无父无君，毁坏人伦，背驰教化，自归于夷狄禽兽。彼蚩蚩之氓，渐染诖误，若赤子之入井，此岂不恻然而伤心乎？监司、守令仔细晓谕，使为邪学者幡然改革，不为邪学者惕然惩戒，无负我先王位育之丰功盛烈。而如是严禁之后，犹有不悛之类，当以逆律从事。守令各于其境内，修明五家统之法，其统内如有邪学之类，则统首告官惩治，当劓殄灭之，俾无遗种。以此下教，自庙堂申明知委于京外。”
随即朝鲜政府在全国范围内严格实施“
五家作统法
”，即以五家为一统，统首负责向官府告发天主教徒，如隐匿不告，五家连坐，“于是各处骚扰，祸炎愈炽，教友们尤无所措手”。李端源、前正言李家焕、前县监李承薰、前承旨丁若镛、前正言洪乐敏、权哲身、丁若钟、女会长姜完淑及其家族（教徒崔必恭和天主教总会长崔昌显在金大妃禁教教旨发布前已落网）相继被捕下狱。其后李家焕、权哲身不堪刑讯，死于狱中。二月二十六日，丁若钟、崔昌显、崔必恭、洪教万、洪乐敏、李承薰等被判斩首示众，丁若铨、丁若镛兄弟以有悔意，改为流放。1801年三月十二日，朝鲜教会的领导人周文谟神父为保护信众而自首，在审讯过程中提及了金健淳等信徒及恩彦君之妻宋氏和儿媳申氏，于是金大妃下令将宋氏和申氏赐死，后来又赐死了恩彦君，同时抓捕金健淳、姜彝天、李喜英等人。四月将周文谟枭首于军门，金健淳等一干人亦被处斩。
1801年四月二十五日，全罗道观察使金达淳将天主教徒柳恒俭、柳观俭、尹持宪等押送汉城，并牵连二百余人被捕。最后大部分人背教而获释，柳恒俭、柳观俭兄弟及尹持宪、金宇集等最后因图谋请来西洋军舰而被处死，随后姜完淑、洪弼周母子等人也被问斩。
1801年九月二十九日，天主教徒黄嗣永被捕，并搜出了他试图发给教廷的帛书。该帛书不仅主张西洋捐助朝鲜教友，还乞求教廷说服清朝吞并朝鲜，隶属宁古塔，派亲王监国，并以朝鲜宗室女为清朝皇后，还要求西洋出动数百艘军舰，数万精兵，威胁朝鲜人信仰天主教。后来黄嗣永被凌迟处死，成为‘辛酉邪狱”中量刑最重者。
由于“辛酉邪狱”涉及到华人，所以朝鲜政府决定将此事通报宗主国清朝，为是年冬例行派遣的冬至使加入了陈奏之任务。在朝鲜冬至兼陈奏使曹允大向礼部呈上讨邪奏文及缩略版黄嗣永帛书以后，清廷反应平淡，并不相信朝鲜教徒与北京传教士联系，只说“该国王惟应严饬本国官民，敦崇正道，勿惑异端，自不至滋萌邪慝。至所称‘余孽或有未净，恐其潜入边门’，所虑亦是。已降旨饬令沿边大吏，一体严査。设遇该国匪徒潜入边隘，一经盘核，即发交该国，自行办理，以示朕抚辑怀柔至意”。清朝并未因周文谟被处死而问责朝鲜，朝鲜也就放心了。
1801年十二月十八日，朝鲜政府以纵容天主教为由追夺蔡济恭官职。同年十二月二十二日，朝鲜王朝在昌德宫仁政殿举行讨邪陈贺仪式，并以国王纯祖之名义颁布“讨邪教文”（斥邪纶音），“辛酉邪狱”画上句号。辛酉邪狱期间，在全国大肃清的状况下，义禁府、刑曹和捕盗厅，以及地方监狱到处关押教徒，人满为患，大部分教徒为求生而背教，坚持信仰而被处死或拷打而死的有300多人。
影响辛酉邪狱是朝鲜半岛历史上首次全面镇压天主教的政治运动，殉教者虽只有300余人，但却开启了朝鲜王朝实施宗教迫害、大面积肃清天主教徒的先河，以后又发生了己亥邪狱、丙午邪狱、丙寅邪狱等朝鲜政府掀起的教案。同时，朝鲜王朝一改正祖年间放任天主教“自起自灭”的态度，从此以镇压天主教为国策，天主教也被彻底扣上了“无君灭伦”、“招寇卖国”之“邪教”恶名。但是，由于辛酉邪狱的起因有时僻党争的因素，镇压天主教只是僻派夺权的口实，所以辛酉邪狱仅是适可而止，天主教并未遭持续镇压、连根拔除，朝鲜天主教会也没有遭到毁灭性的打击，使得其很快恢复与发展。特别是后来代表时派的安东金氏建立势道政治，虽没有改变镇压天主教的国策，氛围却已大为宽松。朝鲜教会继续在地下发展教徒，并在1835年请来法国传教士，到1864年信徒数量更达23000名。
不过，与野火烧不尽的天主教相对的是朝鲜“西学”思想所遭受的沉重打击。辛酉邪狱使来自西方的一切事物及思想都被彻底禁断，“卫正斥邪”成为朝鲜的主流思潮，曾一度流行于知识界的“西学”则遭扼杀而沉寂，此后朝鲜的文人学士噤若寒蝉，几乎无人敢问津“西学”，只有李圭景、崔汉绮等个别实学家在书斋中研究“西学”。韩国学者姜万吉认为辛酉邪狱“与其说是16世纪以来延续下来的党争政治状况在延长线上出现的一个结果，毋宁理解为是可称为18世纪后半期相对进步政治势力——实学势力的活动（即实学思想家对西学的倡导）的反动”。李元淳则更进一步阐释道：“从此，对天主教的迫害，不止于对天主教本身的迫害，而是基于对‘天主教’追本溯源的构想，把迫害的对象无端地扩大到‘天主教信仰和伦理——天学——西学的理方面——西学’，最终将禁压对象扩大为对西学的全面封锁和全面弹压。由于执权者们不具备区分西学之‘理’ （宗教、伦理方面）和‘器’（科学、技术方面）的慧眼，盲目地强烈弹压，就连对朝鲜王朝后期社会近代化作出过贡献的西欧科学、技术也一概被拒斥，犯下了历史性错误。容受并采用先进的科学与技术是当时历史赋予的责任。但是朝鲜王朝对此却全面回避、抵制，沉浸在固守传统上，延误了近代化的进程。”朝鲜“西学”因辛酉邪狱而胎死腹中，对朝鲜思想的发展及朝鲜社会的近代化而言是一个巨大的损失。
