1905年，京师大学堂农科大学农学门开始筹办，并设置病理学相关课程。
1909年，开始招生。
1923年，学校改为国立北京农业大学，设置病虫害系。
1928年，并入国立北平大学农学院，改为农业生物系。
1934年，清华大学农业研究所成立，设置昆虫学组和植物病理学组，后发展为清华大学农学院昆虫系和植物病理系。
1937-1945年，学院先后西迁、南移到达汉中，并与西北农林专科学校合并成立西北农学院。
1945年后，北京大学重建农学院，设置植物病理学系和昆虫学系。
1949年，北京大学农学院、清华大学农学院、华北大学农学院合并成立北京农业大学，设置植物病理学研究所、昆虫学研究所来培养研究生，设置植物病理学系、昆虫学系来培养本科生。
1952年，植物病理学系与昆虫学系合为植物保护系。
中国农业大学植物保护学院
1959年，学校进行系和专业调整，调整为植物保护与农业微生物系，设农业昆虫、植物病理、农业微生物专业。
1960年，增加农药专业，并将农业微生物专业转移到它系。
1963年，植保系发展了植物线虫、昆虫毒理、病虫预测预报、植物检疫专业。
1983年，随着学校教学恢复、院系调整，植物病理系、农业昆虫系和农药系与其他8个系共同成立为农学院。
1986年，学校进行机构改革和院系调整，设植物保护系（植物病理专业、农业昆虫专业）。
1995年，学校将植物保护系和农学系、园艺系合并为植物科技学院，按照植物病理专业、农业昆虫专业等专业招生培养。
1999年，学校又将植物保护系调整为植物保护学院，按照植物保护专业招生，具体按照植物病理学、昆虫学、植保与植物检疫专业方向进行培养。
2002年，学校大规模进行院系调整，将作物学院、植物保护学院和园艺学院合并为农学与生物技术学院，设有植物病理学系、昆虫学系等7个教学机构。按照植物保护专业招生与培养。
2015年10月10日，农学与生物技术学院拆分为农学院，园艺学院，植物保护学院，植物保护学院设植物病理学系、昆虫系。
办学条件院系专业据2020年4月学院官网信息显示，学院设有2个系，开设1个本科专业。
系：植物病理学系、昆虫学系
本科专业：植物保护
学科建设学位点据2020年4月学院官网信息显示，学院有一级学科博士学位授权点1个，二级学科博士学位授权点3个，一级学科硕士学位授权点1个，二级学科硕士学位授权点3个，专业学位硕士授权领域1个。
一级学科博士学位授权点：植物保护。
二级学科博士学位授权点：植物病理学、农业昆虫与害虫防治、植物检疫与农业生态健康。
一级学科硕士学位授权点：植物保护。
二级学科硕士学位授权点：植物病理学、农业昆虫与害虫防治、植物检疫与农业生态健康。
专业学位硕士授权领域：资源利用与植物保护。
重点学科据2020年4月学院官网信息显示，学院有国家重点学科（一级学科）1个，国家重点学科（二级学科）2个。
国家重点学科（一级学科）：植物保护
国家重点学科（二级学科）：植物病理学、农业昆虫与害虫防治
师资力量据2020年4月学院官网信息显示，学院有教授37人、副教授44人，其中国家杰出青年科学基金获得者3人，国家级教学名师1人，国家级教学团队1个，国家基础研究发展计划（973计划）首席科学家1人，教育部新（跨）世纪优秀人才9人，科技部中青年科技创新领军人才2人，优秀青年科学基金项目2人，北京市教学名师1人。
中国农业大学植物保护学院
国家级教学名师：刘庆昌
国家杰出青年科学基金获得者：彭友良、彩万志、杨定
国家级教学团队：昆虫学系列课程教学团队
教育部新（跨）世纪优秀人才：王琦、孙文献、刘西莉、刘俊峰
科技部中青年科技创新领军人才：周欣
北京市教学名师：彩万志
教学建设据2020年4月学院官网信息显示，学院有国家级精品课程1门，部级人才培养模式创新实验区1个。
2019年，学院有1个专业入选国家级一流本科专业建设点。
国家级一流本科专业建设点：植物保护
国家级精品课程：《普通昆虫学》
部级人才培养模式创新实验区：植物生产类复合型拔尖创新人才培养模式创新实验区（与中国农业大学农学院、中国农业大学园艺学院共建）
合作交流据2020年4月学院官网信息显示，学院与美国加州大学、普度大学、威斯康星大学、密歇根州立大学和英国埃克塞特大学等中国以外30多个国家和地区的知名高校或科研机构开展合作交流；学院每年约20名学生公派赴欧美等大学与研究机构攻读学位或联合培养；同时，有来自美国、东南亚、非洲等15个国家30余名留学生来学院学习。
学术研究科研平台截至2017年10月，学院有省部级科研平台2个，校级科研平台1个。
省部级科研平台：农业部作物有害生物监测与绿色防控重点实验室、种子病害检验与防控北京市重点实验室。
校级科研平台：中国农业大学种子健康中心。
中国农业大学植物保护学院
科研成果据2020年4月学院官网信息显示，学院近4年共承担各类科研项目493项，其中主持国家级科研项目113项，到校总经费2.2亿元，年均经费5500万元；获得国家科技进步奖以及省部级奖20余项，国家发明专利75项；以第一单位发表SCI论文560余篇，其中10余篇发表在PNAS、Plant Cell、Nature Communications、Advanced Materials等知名学术刊物上，40余篇发表在影响因子大于5的SCI期刊上。
“十二五”期间部分国家级科研项目项目来源项目名称项目负责人国家863计划植物、微生物次生代谢物生物农药研究和产品创制周立刚国家973计划主要粮食作物重大病害控制的基础研究彭友良国家973计划水稻抗病性的组学基础郭泽建国家自然科学基金乙醛酸循环在水稻稻瘟病应答中的作用机理赵文生院徽图案采取徽标形式，中心图案为寓意植物保护的盾牌和绿苗，整个图形体现学院的悠久历史和愈久弥新的蓬勃发展。
中国农业大学植物保护学院
盾牌的起点有1905字样，代表学院有着悠久的历史传承和深厚的文化积淀；盾牌的曲线映照着学院百年求索、百年育人的艰辛历程；盾牌对叶子的支撑代表老一辈科学家怀着科学报国的热忱，脚踏实地，求真务实，为国家的农业发展打下的基础和贡献；白色主干旁边三条不同颜色的枝蔓寓意当代植保人努力从历史的光荣与梦想中汲取信仰的力量，主动担负起强民富农，民族复兴的历史责任，砥砺前行，筑梦未来。
院训覃思精研，敦本致远
“覃思精研”出自《尚书序》，释义：深入思考、精心研究。学院历史悠久，大师云集，戴芳澜、俞大绂、林传光、沈其益、周明牂、陆近仁等老一辈科学家严谨治学、开拓创新，取得了一系列开创性的研究成果，解决了大量生产实际中的问题，为保障国家粮食安全和生态安全做出卓越贡献，其严谨求实的治学态度，潜心研究的科学精神、一丝不苟的工作作风深深影响一代代植保人，“覃思精研”既是植保人敬业治学、执著坚守的标准，又是不畏艰难、勇于开拓的追求，代表学院师生在治学精神、学术品格和工作作风的传承。
“敦本”出自《宋书》，释义：注重根本。敦：厚道，诚朴宽厚。本：根本，古时多指农业。“致远”出自《诫子书》，释义：凝神、致力于远大理想。“敦本致远”一方面表达学院扎根黄土，心系苍生，发挥专业特色和优势，以强农兴农为己任，为确保国家粮食安全、推进农业农村现代化不懈努力。另一方面强调植保人以德为本，敦厚诚恳，脚踏实地的行事作风，矢志不渝的精神和心忧天下的人生境界。
学生活动据2020年4月学院官网信息显示，学院通过搭建“植保学科前沿”、“植研问道”、“学术微沙龙”等各类学术交流平台，塑造学生科学精神与学术素养，通过“思得沙龙”“学长论道”、“农声讲坛”、“导师下午茶”等活动丰富课余生活。
