悖论引擎是盟军悖论计划中的主要部分，同时也是盟军对抗厄普西隆的最后底牌。
从本质上讲，悖论引擎与其说是一个攻击武器，不如说它更像是一个门，一个连通悖论空间的门，一个时间里存在多个不同的空间，悖论引擎就是这样储备部队的。（所以它就是关于超时空传送的启动引擎，这就是为什么是“悖论引擎”而不是“悖论战舰”之类的。）由于爱因斯坦教授因超时空技术导致一系列实验员的牺牲而销毁和封存了大量关于超时空技术的资料，这间接导致了悖论引擎项目的研发时间一再拖后。但是在尤里夺取了超时空技术后，悖论引擎项目被重启并在伦敦要塞命运科技机库紧急组装。
悖论引擎搭载了不少高精尖设备，这些设备除了成本高以外还有较高的电力消耗。于是盟军为悖论引擎设计了两个备用电池，其中一个在阿松森岛被厄普西隆的突击队摧毁，另一个在特内里费岛成功充电并传送回悖论引擎。
在厄普西隆负责攻击伦敦要塞的部队被悖论引擎击溃后，尤里意识到他手中几乎所有力量都无法与悖论引擎相抗衡，即使是空中要塞伊利卡拉也不能与之匹敌。或许只有天秤能够对付悖论引擎，但是天秤因暴走后留下的后遗症而没有恢复全部力量。
而在厄普西隆负责攻击伦敦要塞的部队被悖论引擎全歼后，尤里猛然意识到他手中几乎所有的力量，都无法与悖论引擎相抗衡(后续也间接导致了天蝎组织的反水)；即使是厄普西隆的究极作战单位——空中要塞伊利卡拉，也不能与之匹敌(截至3.3.5战役末尾，悖论引擎至少击坠了4台空中要塞)。或许只有天秤能够对付悖论引擎，但是天秤因克什米尔战役中被芸如EMP武器攻击导致失控暴走留下的后遗症，而没有恢复至最佳状态。
在盟军发起南极战役并突破最外围的威德尔海防线后，尤里让异教坚守彭萨科拉山阵地，争取阻挡住悖论引擎的推进；而他本人则开始他新的一项混合科技研究计划，以试图击落悖论引擎。在晴天霹雳最后的通讯中尤里命令异教，指挥从南极外海返回至彭萨科拉山的天秤，进入核心基地内的“塔”里，并且表示如果他在莫斯科的话，苏军也许就不会找异教的麻烦。在苏联任务22关地出的最后简报里，显示尤里正在莫斯科；因此悖论引擎越过彭萨科拉山脉继续前进之时，天秤已经撤退至南极极点，而尤里则通过超时空传送仪回到了莫斯科。
出现场景1.厄普西隆战役第十七关“天赐”
在厄普西隆关闭力场护盾后，悖论引擎从命运科技机库中飞出，瞬间全歼了异教的部队并击落了空中要塞伊利卡拉，令尤里十分惊慌。（剧情杀）
从命运科技机库中飞出的悖论
2.同盟国联军战役第十七关“瓶颈”
悖论引擎在伦敦要塞幸存部队的护送下行驶到锡利群岛，在锡利群岛上空发动了时间停止后离开。在这个任务中，悖论引擎首次使用了“时光护盾”。
悖论引擎的时光护盾
3.同盟国联军战役第二十二关“极昼”
借助悖论引擎的时间停止，欧洲联盟的先头部队清理了海岸的厄普西隆部队并建立了基地，这之后悖论引擎在雷神炮艇的护送下出现。并再次使用了时间停止，使指挥官成功将厄普西隆的一架空中要塞伊利卡拉一波带走（这架伊利卡拉是8000的血，对指挥官来说非常棘手）。
任务开头出现的悖论图片
4.厄普西隆战役第二十二关“晴天霹雳”
盟军突破厄普西隆南极要塞的第一道防线后，悖论引擎使用超时空传送突袭了第二防线前线的基地，异教的基地因为在悖论引擎的影响范围之外而幸免，但随后赶到的悖论引擎引发了时空异变摧毁了异教的基地，导致异教的部队团灭，异教麾下的两架空中要塞伊利卡拉也在这场时空异变中被摧毁。（如果提前摧毁的话也会导致任务继续，厄普西隆前线部队被击败）
悖论引发时空异变
台词悖论引擎在3.3.5版本有了自己的独立台词，配音演员是George "Seòras" Exley。?
选中
We shall alter the future! 我们将改变未来！Commander, we're listening. 指挥官，我们在听。The world's finest. 世间最佳。Are you picking this up? Good. 这个行动你接了？很好。The Paradox Engine. 悖论引擎。Command, and we shall conqueror. 下达命令，我们便将征服。Somehow we still carry on! 无论如何，我们依旧继续着远征！移动
Positioning in progress. 正在前行。Fight, 'till we're free! 战斗到底，直到自由降临！Further beyond! 向极天之外进发！We are right on track. 我们在正轨之上。All set, Paradox is on the move. 准备就绪，悖论引擎开始行动。It is our destiny! 这是我们的天命！攻击
The threat must be eliminated! 威胁必须铲除！All guns, fire! 全体开火！Target acquired. 锁定目标。Our advance must continue! 我们的远征必定会继续下去！Whatever it takes. 不计代价。Eliminating hostiles. 歼灭敌人。时间静止就绪
Time Freeze ready! 时间静止就绪！激活时间静止
It's time to stop! 是时候停下了！They'll never know what hit them. 他们永远也不知道是什么消灭了他们。TIME IS ON OUR SIDE. 时间，站在我们这边。This will be their downfall. 这就是他们的陨落之时。未采用
Time Freeze is ready. 时间静止准备就绪了。Commander, the engine is ready for activation. 指挥官，悖论引擎做好行动准备了。We can now stop the flow of time. 我们可以停止时间的流动。We're ready to deploy the reinforcements. 我们准备好部署援军了。Let us know when you need support, Commander. 当你需要支援的时候请告知我们，指挥官。