卓尼系藏语，汉意为两棵油松或油松。相传很早以前在卓尼大寺寺址处有两棵苍劲挺拔的油松。据《丹珠尔经纲目卓尼历史如意宝鬓》和《安多政教史》记载：1254年（藏历第四绕迥木虎年），萨迦派第五代法王八思巴被忽必烈诏请，在赴京途经卓尼时，见到两棵奇特的马尾松，便将寺址选在这里。当地藏族称马尾松为“召相”，此后寺院和地名因此而得名，“卓尼”是“召相”之变音。“卓尼”还有另一解释：相传卓尼土司的祖先当初从西藏盼包宗(今达孜县)起程东来之际，其所在部族的首领穆旺坚参告诉他们：“你们一直向东走，可遇到一条大河，那儿有很多的交相(油松)。”土司先祖率部辗转到达今卓尼时，果然遇见了滔滔东流的洮河，并有很多油松。于是，抑制不住喜悦心情，脱口说出“交相尼达”! 在这里“尼”可解释为“找到”、“寻见”。按寺址的土壤和当地气候来看，适宜油松生长，当时八思巴派人建寺，这里可能有很多油松。若只有两棵油松树，很可能是建寺前已有人栽培。?
卓尼一名不过是一个普通的地名，并没有什么深刻的含意，而卓尼之所以在藏区和内地享有一定盛誉，是与卓尼悠久的历史、卓尼土司的政教业绩、卓尼大寺及其卓尼版《甘珠尔》和《丹珠尔》大藏经等卓尼地区光彩夺目的人文历史密不可分。
地理位置卓尼寺位于甘肃省甘南藏族区卓尼县内。藏语称“噶丹雪珠林”（具喜讲修洲）、“当增达尔吉林”（禅定兴旺洲）。位于县城北平台上。
历史沿革相传十三世纪初，这里建有一座宁玛派小寺。约1269年，八恩巴赴京，途经此地，留其随行萨迦格西·希日益西宏法。后经萨迦格西·希日益西努力，将原寺改为萨迦派寺院，并委任协地（系杨土司始祖）为寺主。明天顺三年（1459），卓尼第二代土司之弟仁钦龙布（1439一？）从西藏学成归来，改卓尼寺为格鲁派寺院，并担任了首任法台。自此，该寺发展很快。清康熙四十九年（1710 ），卓尼第10代土司罗桑敦珠（杨威）次子阿旺赤列嘉措任该寺法台，康熙五十二年（1713），随长兄杨汝松赴京觐见康熙帝。康熙帝封他为“崇梵净觉禅师”，敕赐“禅定寺”匾额。从此，卓尼寺又称禅定寺。此后，于1714年建参尼札仓， 1729年建居巴札仓，约在乾隆年间建萨里哇札仓（天文学院）和崇巴札仓（法舞学院），从而发展成一座正规的格鲁派大寺，寺僧最多时达到3000人。1912年，该寺毁于兵燹。1931 年，在卓尼第19代土司杨积庆主持下重建，历时6年竣工，规模小于从前。1958年前夕，全寺有僧众300余人，该寺1966年拆毁，近年来重修大经堂和一部分僧舍，现有寺僧近200人。
管理体制卓尼寺教权历来由卓尼土司杨氏家族掌握，由出身于该家族的僧人担任僧官（后称堪布），总揽全寺政教事务。该寺的管理体制如下：
1．
堪布系统
。堪布原通称“僧官”，由土司家族的僧人充任。清乾隆六十年（1721），该寺第三任僧官罗桑丹贝坚赞于印经院组织人力开始雕刻《甘珠尔》印版，历时10年，于雍正九年（1731 ）完成。为此，五世班禅授给他“堪布”名号。自此，僧官改称堪布。堪布下设大小头目2人，选择熟悉经文、品行端正、善于办事的僧人，由堪布提名委任。大头目主管全寺的行政事务，并协助堪布管理44个属寺的宗教、行政、财务、教规教法等；小头目主要负责处理外事及其他属寺的部分事务，实际是堪布属下的办事员，有时可代替大头目行使权力，无一定任期。大小头目之下，设班头2人，负责监察全寺僧人遵守律戒的情况。此外，堪布下设“尚书楼”机构。尚书楼，意为头目掌印处，由该寺所辖17教区各推选一名代表组成，具体掌管各札仓的总务、财会等。尚书楼有定期议事章程，凡经共同研究而不能解决者，上报堪布。2
．法台系统
。法台，当地汉语称“压床高僧”，分总法台和札仓法台，分别掌管全寺或各札仓的宗教活动及有关事务。总法台由堪布委任，任期3年，下设大格贵（俗称铁棒喇嘛），管理全寺司法及寺规执行情况。更换方法是，先由上届大格贵提名，经尚书楼初步审议，最后由堪布择定。大格贵领导尚书楼，尚书楼下设翁则（领经师）1人、聂尔哇（管家） 4人。翁则负责领诵经文，并无实权，任期不定；聂尔哇一般从17教区的代表中选任，主管寺院的各类财产，任期限定1 年，产生方法雷同于大格贵。四大札仓卓尼寺设四大札仓，是总法台和大格贵之下独立的宗教与经济实体，其管理体制属法台系统。其中，参尼、居巴二札仓设置相同，各设法台、格贵1人。法台负责经文教授和本札仓的宗教事务，任期3年，由堪布任免；格贵负责纠察本札仓僧众的守戒遵法情况，由本札仓毕业的僧人经尚书楼提名研究、堪布确定后充任。格贵下设翁则1人，聂尔哇4人，其职责同大格贵下的翁则和聂尔哇，唯权限略小，仅限于本札仓。
参尼札仓以教授因明学等为主，学僧毕业后有资格进入唐巴札仓学习。3年后，成绩优异者可为参尼札仓法台的人选。若当选，3年后再任居巴札仓法台3年，圆满到期者可为总法台人选。从西藏求学返回学业突出者，可越级担任参尼或居巴札仓法台，后任总法台。
萨里哇札仓设干巴（师傅）1人，管理本札仓宗教、司法、财务等，下设聂尔哇4人。崇巴札仓设朝仁（教习法舞传承者）1人，主管本札仓事务，无一定任期，亦下设聂尔哇4 人。干巴、朝仁、聂尔哇等产生方法同于其他札仓。
各札仓学制卓尼寺各札仓学制也有一定特色，参耐、仓共分11个班级，即辩红白色班、集类初中高级班、辨理初级下班、辨理初级上班、般若学一班、般若学二班、“第四品”班、“附论”班、中观学班、俱舍学班、戒律学班。各班级每3年举行一次辩经考试，出色者获“噶然巴”学位，可出任各属寺法台。其中首名可任居巴札仓翁侧，3年后晋升为参尼札仓的法台，任满3年后出任居巴札仓法台，再经3年，即9年后有资格任总法台（措钦赤哇）。
居巴札仓共分八个班级，以生圆次第的修习来划分，生起次第设四班，圆满次第设两班，主要学习密宗基本知识及声韵、绘制彩粉坛城方法等，3年后考试，合格者可升人上下“知尕”班学习。学完八个班级的全部课程，考试优异获“俄仁巴”（密乘格西）者，可出任卓尼寺所属各寺院的法台。
萨里哇札仓从事天文、历算方面的学习与研究。崇巴札仓则主要学习各种流派的宗教舞蹈及各般乐器的演奏方法。
节日及佛事该寺主要宗教节日及佛事活动：
正月，每年农历正月举行全寺性的祈愿大法会，为期15天。法会期间，十四日跳法王舞，该舞仿布达拉宫南杰札仓的传统跳法；十五日晚举办酥油花会；十六日亦跳法王舞，该舞仿扎什伦布寺的传统跳法；同日，由居巴札仓僧人念《铁坛城经》，举行施食及镇魔驱邪活动，当地俗称“打张格尔”。
二月，各札仓举办春季法会一月。参尼于札仓的辨理四班学僧进行背经考试，居巴札仓僧人念有关镇压 魔驱邪的经文，并作施食护摩仪轨。
三月，各札仓举办春季中期经会，为期15天。
四月，各札仓分别举行念大经会一月。法会期间，有晒佛活动，居巴札仓制作彩粉坛场，举行自人集密金刚坛城的仪轨，并进行密宗辩经考试，向优秀者授“噶居巴”学位。
五月，在大经堂举行加持“嘛呢药丸”仪轨，诵经7天，各札仓举办夏季中期经会半月。
六月，在大经堂举行祈愿法会 7天，会上跳毗沙门天神舞，晒大佛，各札仓诵经15天。
七月，各札仓举行秋季经会一月，其中居巴札仓举办自入胜乐金刚坛城的仪轨。
八月，各札仓举行秋季中期法会20天，其中居巴札仓举办自入怖畏金刚坛城仪轨。
九月，参尼札仓举行祈愿弥勒佛法会，居巴札仓念大经15天。
十月下旬，全寺进行纪念宗喀巴圆寂的活动5天。
十一月，各札仓分别举行冬季经会1 月。
十二月二十九日，举行跳法舞、施食及镇邪驱魔活动，俗称“打索车”。
卓尼寺原来直接管辖尼月巴、岔道尔、马闹、岗梢等5座寺院，并统领44座小寺和17个教区。这些寺院和教区分布在原杨土司所辖48旗，即今卓尼、迭部、舟曲等县境内；此外，在色拉寺居曼札仓没有本地区学僧的5个康村，与蒙古地方也有教务往来。本寺内有策满林、伊犁仓、麻当仓、古雅、加唐、岔道尔古续等五大活佛昂欠。各昂欠除与本地区各寺联系密切外，还与内外蒙古的一些寺院有宗教联系。其中，麻当活佛与浩吾夏日浩卓新寺、浩尼庆西尼索莫、索尼道、恰哈果洛察夏等寺，古雅活佛与阿瓦嘉西浩昭寺，伊犁仓活佛与宗苏尼道、恰夏日科然浩尼、青达参夏然哈达等寺，加唐活佛与果活科合达参浩昭等寺均有佛事交往和宗教联系。
卓尼寺原保存有相传龙树亲手塑制的十二转轮王像、龙树亲手绘制的贝叶佛像、印度铸造的天女像、用蛇心桓香雕刻的毗沙门神像、《般若八千颂》贝叶经、尊者那若巴的骨饰、卓尼土司先祖协地的保护神“贡保”像以及宗喀巴大师的一些著作手笔。惜经多次浩劫，现所剩无几。
两大印经院缘起
第一次，早在元末明初时卓尼寺部分经堂创办了小型印刷作坊，选刻印刷佛学丛书中的部分章节或单行本中的章节。据史料载，明嘉靖十七年（1538），卓尼第六代土司杨臻主持雕刊了木版繁、中、简的六种佛学文献《佛本生记》、《莲花生本生记》和《藏文文法入门》及佛像等。于是各“扎仓”（经堂）纷纷效仿刊刻，雕刊印刷了许多图书。
第二次，进行大规模的编辑抄书，是在清顺治十五年（1658）。第九代土司才旺丹珠主持抄写了大部头丛书。首先创办了冶炼和造纸作坊，为抄写大型丛书做准备工作；然后用金银粉汁书写了佛经《八千颂》、《甘珠尔》、《般若经》等，还参考北京、纳唐、卫藏的《丹珠尔》，编辑抄写了一部《丹珠尔》。
第三次，由第十代土司罗桑丹珠主持编纂抄写了部分丛书等。清康熙二十八年（1689）时，编辑抄写了一部《丹珠尔》。与此同时，土司之妻罗桑草也出资抄写了《甘珠尔》和《丹珠尔》及部分刻印本图书。从明代至清代，三位土司三次进行大规模地编纂、雕刊、抄写佛学图书，为后来创办《甘珠尔》和《丹珠尔》印经院创造了条件，打下了坚实地基础。
《甘珠尔》印经院
随着安多各地佛教的传播发展，零星抄写和刻版印刷远远不能满足寺院教学的需求。卓尼寺等寺院僧倡迫切要求土司创办大型正规的印经院。于是这个重任由第十一代土司玛索贡布（杨汝松）担当。正当此时，土司被康熙帝召见，因功受到嘉奖。返回卓尼后增加了刊刻佛学大型丛书的信心，于是当即决定雕刊藏文大藏经上部《甘珠尔》。为了让雕刊顺利出版问世，同时动工加紧修建《甘珠尔》印经院（藏语称“甘珠尔贝康”），俗称上印经院。印经院座落于禅定寺释迦佛殿之西侧。由原建于明弘治十四年（1502）的法舞学院改建。建成的印经院是藏式二层楼，面积横排七间，经深为九间，一楼内佛堂，供有大型馏金三世怙主佛，八大弟子像。其他全是陈列的经板架，均按其页码顺序排列。二楼分前后两部分，后部分为《文集》类经板架，前部分为《文集》类印刷处。《甘珠尔》大部分经卷的印刷处设在经堂前院的平房内，面向经堂，东、南、西三面均为印经作坊，共有一百零八部，八万多块刻版。内设有生产和管理完善的机构。
印经院设有院长领导下的各种机构，院长称“巴本”，下设有管理、印刷、检验、装裱、整理、校对、涂色、包装、封存、销售财经等等机构，由五十余名专职人员来负责管理各部门的工作。
印刷是一件十分繁琐而又细致的工作，为了保证印刷质量，进行严格的管理，实行流水作业。如印刷一部《甘珠尔》，在四、五十个技工的紧密配合下，用三个月时间才能完成。第一部《甘珠尔》印刷出版于雍政九年（1732），当时全寺举行了隆重的庆祝典礼，此事轰动了安多地区。
《甘珠尔》印经院是专门印刷《甘珠尔》的，故名为《甘珠尔》印经院，实际上除此外还刻印其他图书。印刷开印时间从四月开始约有半年时间。
《丹珠尔》印经院
《丹珠尔》印经院产生于清乾隆十八年（1753），由卓尼第十四代土司丹松才让（又名杨声）开办。土司在主持雕刻《丹珠尔》同时，动工修建印经院。印经院是由原“却吉考老”佛殿改建而成，俗称下印经院。其面积横排七间，经深九间，内陈设有大型镏金宗喀巴师徒三尊像。楼内两侧为三百一十七部《丹珠尔》经板架，十二万多块经板。该楼前三面围绕广场建有两层楼房，内为印刷作坊。印刷一部《丹珠尔》，七十多个技工五个月才能完成，其工程可谓庞大。为了保证印刷质量，提高技工的积极性，土司宣布免去了刻版和印刷工的税。《甘珠尔》印经院和《丹珠尔》印经院，长期以来雕版、印刷出版了大量藏传佛教文化图书。
《甘珠尔》印经院自1721年至1928年有206年的印刷史；《丹珠尔》印经院从1753年至1928年经历了175年，两所印经院在此期间印刷出版了以哲学、历史、人物传记、文学、医学、历算、全集、文集等数以万计的图书。如《宗喀巴全集》、《菩提心戒林疏根本戒》、《中论根本大解》、《般若解根本大疏》、《大乐金刚母传圆满次第上乐金刚四种要解》、《桑堆四女神问答》、《智金刚杂集论大疏》、《五种次第明灯五种次第圆解》、《多见论普疏》、《南秀次第经解》、《南谢光巴赛经·诗文经·洛江经》、《释迦赞颂》、《年居密传经》、《珠卫未完经》、《上乐金刚大疏》、《圆满次第成就法》、《四种瑜伽成就法》、《桑堆根本注》、《历代班禅传记》、《十六尊者》、《普明宏光佛》、《宗喀巴尊者师徒三尊全集》、《至尊扎巴谢珠全集》十四卷等，所有出版的图书，除供本寺外，其余订购销售安多、西藏和内蒙等地寺院，有的珍贵图书出口销往日本、美国等地。
