总理回疆事务参赞大臣，是清代新疆回部地方的驻扎大臣，“总理回部各城事务”。1759年（乾隆二十四年），清军平定大小和卓之乱，置参赞大臣办理喀什噶尔事务，受伊犁将军节制。首任参赞大臣为海明，驻徕宁城（喀什噶尔满城），因其驻喀什噶尔（今新疆喀什市）办事，故称喀什噶尔参赞大臣。1763年（乾隆二十八年），以喀什噶尔参赞大臣“总理回疆事务”，参赞大臣纳世通总理回疆南八城事务。 1765年（乾隆三十年）移驻乌什办事大臣素诚被杀，以永贵为总理回疆事务参赞大臣，移驻乌什。喀什噶尔改设办事大臣。1787年（乾隆五十二年）复移驻喀什噶尔。1797年（嘉庆二年），设英吉沙尔领队大臣，管辖原属喀什噶尔的英吉沙尔地方。1827年（道光七年）喀什噶尔参赞大臣移驻恢武城（今疏勒县）。1831年（道光十一年）移驻叶尔羌，改叶尔羌办事大臣为参赞大臣，总理回部，喀什噶尔参赞大臣降为领队大臣。1864年（同治三年）以后，因同治新疆回乱和阿古柏之乱而空缺。1864年（同治三年），新疆回乱爆发，阿古柏攻占喀什噶尔汉城（恢武城），喀什噶尔办事大臣奎英殉难。1865年（同治四年）叶尔羌参赞大臣武隆额离任，此后参赞大臣一职空缺。1878年（光绪四年）清军收复回部各城，此后设立“西四城善后总局兼办喀什噶尔善后局”管理回部西四城（喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗）。1883年（光绪九年）裁撤参赞、办事大臣，置知府、知州，次年设立新疆省。喀什噶尔地方置疏勒直隶州，叶尔羌地方置莎车直隶州，不久均升为府。
职权在天山南路（即回疆地区）设置的参赞大臣就是军府制体制中的重要组成部分。喀什噶尔参赞大臣（亦称
总理回疆事务参赞大臣
）归伊犁将军（全称“总统伊犁等处将军
”）节制，管辖回部喀什噶尔(今喀什)、叶尔羌(今莎车)、和阗(今和田)、乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔(今焉耆)等地区办事、领队大臣及其军政事务；参赞大臣官署的内部组织有印房、回务处及粮饷局，设章京、笔帖式等以办理事务；各城事务有总管参领、防御、骁骑校等分掌。其辖地北起中亚纳林河（即锡尔河上游之支流），与当时的中亚浩罕汗国为界，南达喀喇昆仑山，西至帕米尔以西就近地带，东至阿尔金山一线。境内民族以维吾尔族为主，还有柯尔克孜（当时称布鲁特）和塔吉克等民族。清朝对于喀什噶尔参赞大臣及其以下各级官员和职责权限规定的极为严格精细，诸如接任交代、存房书册、年例折奏、咨行案件及办事章程都一一列明。例如其《办事章程》中规定：参赞大臣到任后巡查本属卡伦十七处一次，巡阅各回城一次；协办大臣到任后盘查喀什噶尔、英吉沙尔仓库军械马牛羊厂一次；领队大臣春秋二季轮流巡查喀什噶尔、英吉沙尔所属卡伦一次，等等。甚至中亚浩罕汗国的通商使者来喀，如何接待也有繁复详尽的规定：“每名照例筵宴用羊一只，白面十八斤，白米、油茶、柴薪杂费钱五十二文；来使并仆役日给羊一只，白米半斤；其仆役日给白面一斤。自本处起程至叶尔羌，五日口食羊二只，茶米折钱。旋回时仍然前供支给，造册汇入奏销”。还有“每年九、十月间，参赞大臣阅视满汉官兵技艺，例赏羊二十四只，经牧处备办。”（以上均见《回疆通志》卷七）诸如此类，不胜枚举。
同时参照内地官制改造回疆旧有的伯克制度，任命维吾尔上层为各级伯克，管理各城、村事务。伯克和宗教阿訇不得兼任，阿訇不得干预行政司法。当时南疆的伯克中，阿奇木伯克官居三品，是南疆各城最高的行政长官，总管当地城乡一切行政事务。伊什罕伯克是阿奇木伯克的行政副手，其下按业务分设各种类型的伯克，分掌各级各地的钱粮、赋税、司法、治安、水利、田园、工商、贸易、宗教、文化等具体事务。
辖区喀什噶尔参赞大臣及协办大臣办理喀什噶尔地方事务，其所辖区域为：伯什克勒木、伊克斯哈拉、牌租阿巴特（今伽师县）、阿尔巴特、汗阿里克、塔什巴里克、赫色勒布伊、托璞鲁克、提斯衮、岳谱尔和（今岳普湖县）、英吉沙尔（今英吉沙县）、塞尔们、哈喇刻尔、托克库尔萨克、鄂坡勒、阿斯腾阿喇图什、鄂什、霍尔干、玉斯屯阿喇图什、阿喇古、巴尔昌、和什库珠克、阿喇楚勒、叶什勒库勒。
回部南八城的重要军事、行政事务，也由参赞大臣办理，重大事宜须上奏伊犁将军。南八城的其他驻扎大臣（叶尔羌办事大臣、和阗办事大臣、阿克苏办事大臣、乌什办事大臣、库车办事大臣、喀喇沙尔办事大臣、英吉沙尔领队大臣），均受喀什噶尔参赞大臣节制。东路的哈密办事大臣、吐鲁番领队大臣则由乌鲁木齐都统节制。
属员喀什噶尔协办大臣一员。章京四员，掌管四部衙门，笔帖式四员、委笔帖式九员，见办事衙门。卡伦侍卫十八员。管理满营协领一员、佐领二员、防御二员、骁骑校三员、前锋校三员、委笔帖式一员。管理锡伯营佐领一员、骁骑校一员。管理索伦营佐领一员、骁骑校一员。管理绿营副将（原为总兵）一员、游击一员、千总三员、把总三员、经制外委六员、听差都司守备二员。英吉沙尔领队大臣一员。办事衙门印房，章京一员、笔帖式二员、委笔帖式四员。回务处，掌管回人（穆斯林）事务，置章京一员、笔帖式一员、委笔帖式二员。粮饷局，1761年（乾隆二十七年）设，置章京一员、笔帖式一员、委笔帖式一员。经牧处，章京一员、委笔帖式二员。
