创办初期
1941年夏，湖南黔阳人黄本谦经过汪伪时期南京特别市教育局立案，创办南京特别市立第一职业中学，校址在南京洪武路399号的几间民房中，设有会计、打字、缝纫专业，学制是初商科三年、高商科三年，当时只有初商科招小学毕业生入学，这也是南京开办的三所职业学校之一。
1942年，学校由洪武路迁至武定门小心桥（江宁路）。
1943年，将升州路大彩霞街口的基督教卫斯理堂作为校舍。
1944年7月，第一届初商科学生毕业升入高商科，同时增设了农科班。当时商科学生主要在卫斯理堂，农科学生在武定门。学校办学规模不大，学生不过百人，教师20余人。
1945年抗日战争胜利后，学校由国民党政府接管，校名改为南京市立第一职业学校，设商农两科，卫斯理堂交回基督教会，将莲子营小学校舍给其办学，为分部。
1947年夏，学校进行了重大调整。原学校商农两科分别独立成立两所学校，农科分出成立南京市立农业职业学校（南京森林警察学院前身）。
1948年，校址迁移至燕子矶，商科停止了招初商科，改名为南京市立商业职业学校（南京铁道职业技术学院前身）。
1949年南京解放，南京市军管会接管了南京市立农业职业学校，当年11月校址迁至燕子矶东约1.5公里处的巴斗山。
1950年，学校更名为南京市农业学校，设高级农科和初级农科各5个班600余人，学制3年。
1950年秋，巴斗山因国防建设需要，学校校址由笆斗山暂迁南京晓庄师范。
南京森林警察学院校旗
1951年6月，华东军政委员会将设在上海的华东农林干部训练班与南京农业学校合并成立华东农林干部学校，由华东农林部接管，校址设在南京太平门外樱驼村紫金山北麓板仓街（原中央经济研究所旧址）。学校设三部，一部为老干部训练班；二部为青年干部培训班；三部为中等技术学校。当时学校规模较大，拥有校舍面积100亩，山林800亩，苗圃、果园及农田200亩。在此期间，学校设有农学、林学、园艺、病虫防治、畜牧兽医等专业，先后培养了4届毕业生。
1953年5月，因大行政区机构调整，江苏省农林厅接管华东农林干校，并将第三部即中等技术学校与宜兴农校的林科班合并，成立江苏省农林技术学校。[5]
南京林业学校
1953年8月，经江苏省人民政府批准，江苏省农林技术学校正式更名为江苏省南京林业学校。
1954年10月，学校改属林业部领导，更名为南京林业学校。
1957年，学校确立了5年奠基发展的办学目标和以培养中等林业技术员为主的人才培养目标。根据当时国家高教部的要求，学校全面开展了学习前苏联的教育经验，大力推行教学改革，从学校学制、专业设置到教学内容、教学方法等各个环节进行了一系列的改革。在这期间，学校将学制由3年制改为4年制；调整专业设置，以林业专业为主，先后设置了造林、森林经营等专业；教学设备配套成型，先后建立了植物、树木、测量、造林等12个教学实验室和3个陈列实验室以及气象观测站等。
1958年，受中国国内政治运动的影响，学校受到了很大的冲击。
1960年，在校学生由891人增至1192人，大大超出了学校承受能力，至使教学质量下降，流生现象严重。再加上受“大炼钢铁”的影响下，学校几天之内办起了青砖、活性炭、造纸等10多个校办工厂，结果一无所获，完全打乱了教学秩序。
1962年6月，学校被迫暂时停办，学生全部遣散回家。
1963年，林业部批准学校复办，直属林业部领导，并实行以部为主，与省双重领导的管理体制。学校复办后首先对专业设置进行了调整，保留林业、林产化工、地植物及果树4个专业，增设了林业财会，恢复了森林保护专业；学生全部返校复学，并于1963年开始招收新生；林业部下拨专项经费兴建了实验大楼，建立了24个实验室，并投资50万元购置国外先进的教学仪器设备。至此，学校很快恢复了正常教学秩序。
1964年，林业部在学校建立了林业部南京林业干部学校，与学校一套班子统一管理。在1964至1966年的3年中，共举办了6期培训班，培训学员530人。至1966年，全校共设有5个专业。
1972年11月，江苏省革委会作出了“撤销南京林校的建制，并入南京林产工业学院”的决定。学校由此停办，500亩校园、200亩苗圃果园和2万多平方米校舍全部被部队占用，学校中一部分教职工调离，大部分教职工和教学设备并入南京林产工业学院（南京林业大学）。
1979年8月，林业部决定复办南京林校和南京林业干部学校，并与江苏省革委会商定易地重建学校，征用南京市太平门外樱驼村土地138亩（花园路），并成立了复办筹备领导小组，实行以林业部为主、江苏省协管的双重领导体制。
1979年10月，林业部批准学校复建计划任务书。
1982年5月，正式动工破土建校。
1983年3月，学校抽回了在南京林产工业学院工作的原林校教职工116人，其中教师55人，初步建立了一支教师队伍。8月，学校恢复了中专招生，设置了森林调查规划、园林绿化2个专业，当年招收80名新生，同年9月，学校举办了复办后首次开学典礼。
至1984年底，第一期基建工程基本完成，决算投资638万元，校园建筑面积达2.1万平方米，为学校的复办奠定了初步的基础。
1983年10月，林业部成立了林业部中等专业教育研究中心，这是林业部教育司的科学研究和咨询服务机构，挂靠在学校。学校实行林校、干校和研究中心三位一体的管理体制。
从1984年起，学校由筹建、复建转入稳步发展。[5]
南京森林警察学院
1993年，学校已成为全国40余所林业学校的牵头单位和部属重点学校。
林业部南京人民警察学校
1994年8月，学校首次面向全国进行公安类招生，共招收治安管理专业和林业公安专业学生160名。9月，经中央编委批准，将南京林校改建为林业部南京人民警察学校。
1996年1月，林业部在学校举行了首次授衔仪式，首批符合入警条件的197名教职工被授予相应的警衔，实现了林校向警校转型的人员身份转变。
1996年1月，林业部为了加强森林公安民警的教育培育工作，促进森林公安队伍建设，下文批准成立林业部警官培训中心（与林业部南京林业干部学校一套机构，两块牌子）、警校教育研究室（与林业部中等专业教育研究中心一套机构，两块牌子），挂靠在学校。
1996年10月，林业部、公安部在学校举行了挂牌庆典和阅兵仪式，全校师生接受检阅，标志着警校的正式成立。
1998年，林业部改为国家林业局，学校更名为国家林业局南京人民警察学校。之后，国家林业局直属的林业院校先后合并或转为地方管理，只保留了警校为局直属管理。学校在国家林业局的大力支持下，向教育部申办大专层次教育。
南京森林公安高等专科学校
2000年3月，经教育部批准，在国家林业局南京人民警察学校的基础上建立南京森林公安高等专科学校。7月，学校首次招收大专生。10月30日，国家林业局在学校举行了成立庆典大会。
2001年，经国家发改委批准，在南京仙林大学城征地1000亩，实施新校区建设工程，总投资3.5亿元，于2003年9月正式启用，首批2000多名学生入驻仙林校区。学校由仙林校区、花园路校区组成，总占地面积1143亩，校舍总面积20多万平方米。仙林校区作为主校区，承担全日制普通教育的任务；花园路校区作为在职民警培训和继续教育的基地。
2001年开始，学校筹建系、部工作，并相继设立了治安系、侦查系、警务管理系、警务技战术系、信息技术系、教学实训基地、继续教育部等教学单位；从森林公安人才需求和办学实际出发，科学合理地设置专业，先后设置了治安管理、森林消防、侦查、刑事技术、警察管理、信息网络安全监察、警察指挥与战术等7个专业12个专业方向。
2003年，学校通过了江苏省教育厅组织的基础实验室合格评估。
2005年，依托学校成立了国家林业局森林公安局野生动植物刑事物证鉴定中心。年底，在教育部组织的高职高专人才培养工作水平评估中，学校被评为优秀等级。
2009年9月，经公安部批准，成立了国家林业局森林公安司法鉴定中心。
2006年开始，学校向教育部申办本科层次教育。
南京森林警察学院
2010年3月，经教育部批准，在南京森林公安高等专科学校基础上建立南京森林警察学院。10月，国家林业局在学校举行了南京森林警察学院揭牌仪式。
2011年3月，学校重新调整和增设了教学单位，设治安系、森林消防系、侦查系、刑事科学技术系、警务管理系、信息技术系、警务技战术系、思政部、教学实训基地和继续教育部。9月，学校制定了学术委员会章程；同年12月，成立了升本后的首届学术委员会。
2012年11月，成立了研究生办公室，设在科技处，并启动了研究生教育规划。
2013年1月，国家林业局依托学校成立了国家林业局森林防火工程技术研究中心。5月，学校成立了科学技术协会，同时成立了大学生科协，实施大学生创新创业训练计划项目。同年，停止招收专科生。
2014年5月22日，学校通过了江苏省人民政府学位委员会专家组进行的学士学位授予权评审。经专家们投票表决，同意增列为学士学位授权单位，并同意将侦查学、治安学、刑事科学技术、消防工程（林火管理方向）4个专业增列为学士学位授权专业。
2021年12月31日，南京森林警察学院与长江航运公安局举行战略合作签约仪式。[7]
办学规模院系专业截至2020年8月学校官网显示，南京森林警察学院设有7个二级学院，开设9个公安本科专业。[3]
院系名称专业方向治安学院治安学、治安学（民航公安机关）、治安学（长江航运公安机关）森林消防学院消防工程（林火管理学）侦查学院侦查学、侦查学（海关缉私机关）刑事科学技术学院刑事科学技术、刑事科学技术（视听技术方向）、刑事科学技术（食药环方向）、刑事科学技术（海关缉私机关）管理学院公安管理学截至2020年8月学校官网显示，南京森林警察学院有教职工462人，其中，专任教师中有高级职称教师190人（其中正高级职称46人），博士、硕士学位249人，研究方向分布于法学、公安学、公安技术、林学、药学、食品学、植物学、动物学等领域。有省部级教学名师3人，江苏省优秀教学团队2个，省级示范性实验教学中心有2个，江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人有7人，江苏省“333工程”第三层次培养对象9人，国家林业局“百千万人才工程”省部级人选5人。[5]
国家级教学名师
：赵明生省部级教学名师：
张志平、张高文、赵明生国务院特殊津贴专家：
张思玉、赵明生教育部高等学校教学指导委员会
委员：
张高文江苏省“青蓝工程”优秀中青年骨干教师：
侯森林、江林升、王新猛、薛晓明江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人：
糜海波、薛晓明、张思玉、张高文江苏省“333工程”第三层次培养对象：
胡建刚江苏省“333工程”中青年科学技术带头人：
糜海波、张思玉江苏省“十三五”重点建设学科带头人：
林平国家林业和草原局“百千万人才工程”省部级人选：
薛晓明、张思玉、郑怀兵江苏省优秀教学、创新团队带头人：
林平、赵明生江苏省优秀教学团队：
森林消防专业教学团队（张思玉）、公安信息技术课程群教学团队（赵明生）[8]学科建设截至2020年8月学校官网显示，南京森林警察学院有江苏省“十三五”重点建设学科3个和国家林业和草原局重点（培育）学科1个。
江苏省“十三五”重点建设学科：
公安技术、公安学、林学[5]国家林业和草原局重点（培育）学科：
消防工程[9]教学建设质量工程
截至2022年11月学校官网显示，南京森林警察学院有国家一流本科专业建设点7个、江苏省品牌专业1个、江苏省重点建设专业1个和公安高等教育重点专业培育点1个，省级示范性实验教学中心2个；有省部级精品（优秀）课程8门，省部级精品教材7部。
国家一流本科专业建设点：
治安学、网络安全与执法、刑事科学技术、公安情报学、警务指挥与战术等省级一流本科专业建设点：
侦查学[10]江苏省品牌专业：
刑事科学技术、公安情报学、警务指挥与战术、网络安全与执法、治安学[11]江苏省重点建设专业：
刑事科学技术公安高等教育重点专业培育点：
警务指挥与战术（特警方向）省级示范性实验教学中心：
野生动植物物证技术实验教学中心[5]省部级精品教材：
森林火灾预防、侦查通信与指挥教程、孙子兵法研读本省部级精品（优秀）课程：
痕迹检验、犯罪心理学、犯罪现场勘查、[12]现场勘查、文件检验[13]教学成果
截至2020年8月学校官网显示，南京森林警察学院先后获得国家级教学成果二等奖3项、省（部）级教学成果特等奖1项、一等奖2项、二等奖5项、三等奖1项。[5]
国家级教学成果二等奖
：高职高专教育林业类专业教学内容与实践教学体系的构建与应用、侦查学实践性教学模式的建构与创新[12]省部级教学成果一等奖
：侦查学实践性教学模式的建构与创新[12]省部级教学成果二等奖
：公安特警人才培养模式创新与实践、基于“五个依托”构建“学训研战”相互作用的教学模式、刑事技术实训课程体系的开发与研究、犯罪现场勘查精品课程建设、野生动植物物证技术教学体系的构建学生成绩
截至2020年8月学校官网显示，南京森林警察学院学生在各级各类活动及竞赛中荣获奖项418项，其中国际奖项19项、国家级奖项55项、省级奖项252项；主持国家级大创项目210项、省级270项；获全国大学生英语竞赛特等奖1项、一等奖13项；获“虎鲸杯”全国大学生电子数据取证比赛冠军；获全国大学生计算机设计大赛二等奖1项、江苏省大学生计算机大赛一等奖1项、二等奖1项；2015年“美亚杯”全国电子取证竞赛开赛，获个人一等奖5项、二等奖4项，团体一等奖5项、二等奖1项；获“挑战杯”江苏省大学生课外学术科技作品竞赛二等奖1项、三等奖6项。[5]
国际交流
截至2020年8月学校官网显示，南京森林警察学院已与美国、俄罗斯、英国、加拿大、新西兰、瑞典、丹麦、澳大利亚、新加坡、越南等多个国家和中国台湾、香港地区的警务或森林消防同行建立了联系。[5]
学术研究科研平台截至2020年8月学校官网显示，南京森林警察学院建有7个省部级科研机构，10个校级科研机构，此外还有一个省优秀科技创新团队。[14]2021年6月10日，由公安部十四局与南京森林警察学院联合成立的“海关缉私警务研究中心”正式揭牌。[15]
省部级科研机构
：国家林业和草原局森林公安局野生动植物刑事物证鉴定中心（国家林业和草原局森林公安司法鉴定中心）、国家林业和草原局森林防火工程技术研究中心[16]、全国森林警务航空运动训练基地、国家林业和草原局濒危野生动植物犯罪研究所、国家林业和草原局野生动植物物证技术重点实验室、中华人民共和国濒危物种进出口管理培训基地、公安部食品药品犯罪研究中心南京森林警察学院
校级科研机构
：反恐怖研究中心、森林资源贸易与犯罪研究所、公安应用语言研究所、濒危野生动植物犯罪情报中心、公安文化研究中心、电子证据检验鉴定重点实验室、火烧迹地植被恢复与管理重点实验室、林业生态安全与执法协同创新中心、智慧警务协同创新中心、公共安全舆情研究中心江苏高等学校优秀科技创新团队
：森林火灾及其次生灾害防控一体化技术科研成果截至2020年8月学校官网显示，南京森林警察学院先后承担国家自然科学基金委、国家“948”计划、公安部、教育部、司法部、国家林业局、江苏省教育厅、江苏省公安厅等厅局级以上项目119个，获得省部级科学技术进步奖5项、国家发明实用新型专利20项。[5]
获奖时间获奖项目获得奖项2019年森林草原复杂地形环境下无人机智慧消防关键技术研发及应用示范梁希林业科学技术奖二等奖2019年森林草原火灾航空消防监测与快速评估技术梁希林业科学技术奖二等奖2019年森林可燃物载量估测与生态调控技术示范应用梁希林业科学技术奖二等奖2019年林业事业单位内部控制研究梁希林业科学技术奖三等奖2011年森林消防技术设备系列化研究与开发梁希林业科学技术奖二等奖以上数据为不完全统计，详情请参考资料。
学术资源馆藏资源
截至2013年12月，图书馆纸质藏书总量达593741册，另有电子图书1676194种，纸质期刊984种，电子期刊32900种，初步建成类型全面，以公安法律文献为特色，文、理、林、教协调发展的馆藏资源体系，图书馆网站的年访问量均保持在20万次左右，CNKI等主要数据库检索量达279万余次。
学术期刊
《森林防火》是由国家林业和草原局主管、南京森林警察学院主办的综合性科技期刊，设有组织管理、林火研究、林火扑救、生物防火、航空护林、森警园地、国外借鉴、经验介绍、信息动态等30余个栏目。
《森林公安》是由国家林业和草原局主管，南京森林警察学院主办，主要面向全国森林公安系统的社会科学期刊。
文化传统形象标识校徽
南京森林警察学院校徽图案由学校的中英文名称环绕“盾牌、森林、展开的书”构成，象征着人民警察维护社会稳定的历史使命和森林公安人才培养的目标与方向。
校旗
南京森林警察学院校旗为“森林绿”和“警察蓝”结合色调的长方形旗帜，旗面中间区域嵌入学校徽志及中英文校名。
精神文化校训
忠诚、团结、严谨、勤奋[17]
校歌
《森林卫士的摇篮》钟山之路 长江之畔，森林卫士斗志昂扬。大江南北 齐聚一堂，源自心中那个梦想。莘莘学子 严谨学习，用勤奋实现中心理想。团结攀登 拼搏向上，忠诚谱写绿色篇章。嗯，嗯，啦啦，啦啦，啦啦~让地更绿，让天更蓝，让祖国大地生机盎然。让林更密，让花更鲜，让我们共创青春辉煌。让地更绿，让天更蓝，让祖国大地生机盎然。让林更密，让花更鲜，让我们共创青春辉煌。[17]