中共北京市委党校于1950年11月在市委干部训练班的基础上建立。
为迎接北平和平解放，1949年1月6日，北平市委在郊区良乡成立了市委干部训练班。干训班在市委学委的具体指导下，成立了学委分会，由王鹤峰、宋乃耕、彭宝山、石羽、王峰五位同志组成。干训班共举办五期，培训学员4171人。
1949年2月5日，干训班从良乡进驻北平，先在光明饭店，后迁至东总布胡同贡院西街3号，即党校原址。
1949年3月18日，第一期干训班开学，彭真、赵毅敏同志参加开学典礼并作报告。
1950年底，根据11月6日召开的华北局党校工作会议精神，在干训班的基础上成立中共北京市委党校。全校职工107人，其中教学人员32人（讲师20人，助教12人）。
中共中央批转《中央宣传部、中央组织部关于中级党校工作座谈会向中央的报告》。
1955年7月，中央宣传部和中央组织部召开了党校工作座谈会，解决在全国设立中级党校的问题。会议肯定了中共北京市委积极筹建中级党校的做法，提出"北京和河北大力进行准备工作，争取明年九月正式开学"。
1955年9月13日，中央组织部函告，中央原则同意北京中级党校在西郊马尾沟外国教会旧址（即现校址）按编造的预算进行修建。
1955年10月20日新校舍开工，至1956年8月基本建成。新建的四幢学员楼可容纳2000人，还修建了一幢办公兼教学楼、两幢教职工宿舍和一座大礼堂。1956年8月27日，由东城贡院西街陆续迁往新校。
1955年11月，中组部、中宣部又召开了全国初级党校会议。对中、初级党校的训练任务、训练对象、课程设置、学制、教学计划、教材、人员编制、组织机构、领导体制等问题作了详细的规定。由于中央的重视和市委领导的支持，党校的培训工作步入了新时期。
党的八大以后，为适应北京市大规模社会主义建设事业发展的需要，在市委和校党委领导下，党校的师资队伍得到了较大的发展，学科体系日臻完善，全校人员编制由初级党校时期的107人发展到299人，5个教研室，其中教学人员由原32人发展到158人。
1966年5月"文化大革命"开始，至1975年11月中共北京市委党校遭受了严重的破坏和损失。党政领导和党团组织陷于瘫痪，教学科研工作停止，学校正常工作中断。
1968年10月，北京市革命委员会正式决定撤销市委党校。1969年7月，广大教职员工被下放劳动或重新安置。
1975年11月，北京市革命委员会在毛泽东思想学习班的基础上重建党校。随着1976年10月"四人帮"的倒台，党和国家进入新的历史发展时期，党校的干部教育工作开始步入新阶段。
1979年2月，市委通过了《为党校平反、恢复名誉的决定》，肯定了党校17年所做的工作，指出市革委会1968年10月撤销党校的决定是错误的，应予平反，恢复名誉。
中共北京市委党校恢复和重建后，通过不断排除"左"的思想影响，端正了教学方向，逐步完善了教学管理体制，教学力量不断加强，学校规模日渐扩大，全校教职工达284人。此间，党校除举办党员领导干部轮训班外，1980年2月，还办了一期两年制大专学历的理论研究班。
据不完全统计，从1979年---1983年5月，共办班28期，学员达10518人，为实现党校教育正规化奠定了基础。[2]
学术研究建设成果学校坚持教学、科研、咨询、学科建设四位一体方针，坚持科研为推进党的理论创新服务，为提高教学质量服务，为市委和市政府的决策服务，为社会主义经济建设、政治建设、文化建设、社会建设、生态建设和党的建设服务，积极实施科研精品战略、全面推进战略、科研超前和优先发展战略，取得可喜成绩。迄今为止，北京市委党校承担了50余项国家社科基金项目，60余项北京市哲学社会科学规划项目，百余项科研成果获得国家级、省部级奖项。北京市委党校公开发行的学术刊物《北京行政学院学报》，作为CSSCI来源期刊，连续多年被评为全国中文核心期刊、中国人文社会科学核心期刊、全国百强社科学报、中国人文社科学报核心期刊。
科研平台现设28个处级机构，其中教学科研机构9个（哲学、经济学、政治学、党史党建、公共管理、工商管理、法学社会学、外语），教学科研辅助机构3个（信息部、校刊编辑部、图书馆），教学科研管理部门8个（教务处、科研处、决策咨询部、国际合作交流部、学员工作处、研究生部、成人教育学院、基层党校工作处），行政管理部门7个（办公室、人事处、机关党委、财务处、行政管理处、保卫处、离退休干部工作处），后勤服务中心。
附：2016年度北京市党校系统科研协作课题立项一览表：
序号
课题编号
所在单位
负责人
课题名称
12016DXXZ001市委党校一分校焦 芳北京建设全国科技创新中心策略研究22016DXXZ002市委党校一分校尚书海多元文化对机关青年干部价值观的影响研究32016DXXZ003市委党校二分校李海红北京市卫生计生系统舆情监测和引导机制研究42016DXXZ004东城区委党校赵秀娟历史文化街区的保护机制探究──以南锣鼓巷为例52016DXXZ005西城区委党校牛艳艳利用政务微博引导突发事件网络舆论的策略研究学校实施“走出去”、“请进来”战略，广泛开展国际学术合作与交流，与美国、俄罗斯、英国、法国、德国、瑞典、意大利、日本、韩国、新加坡、越南以及我国香港特别行政区等20 多所院校建立了长期稳定的学术交流与合作关系。2008年，学校获得“北京市对外参观工作先进单位”荣誉称号。
办学条件院系专业教学科研行政管理部门办公室教务处科研处决策咨询部（研究室）教学科研部门哲学教研部经济学教研部现有教职工340人，专职教师102人，高级职称占64%，博士占50.5%。
教学建设学校的主要任务是培训轮训北京市党员领导干部和国家公务员，每年培训7000余人。班次有研修班、进修班、培训班、专题班等。进修班的任务是轮训区县局级干部；培训班的任务是对区县局级后备干部进行培训；专题班的任务是紧紧围绕市委市政府的中心工作需要，开展重大理论与现实热点难点问题的培训与研讨。近年来，学校积极落实《党校工作条例》和《行政学院工作条例》，按照中央“大规模培训干部、大幅度提高干部素质”的战略部署，进一步加强对干部成长规律和党校教育规律的研究，不断优化班次设置、完善教学内容、创新培训方式和手段、改革教学管理体制，使教育培训工作更好地融入、服务、促进首都科学发展和干部健康成长。
学校是全国省级党校第一批硕士学位授予单位。目前拥有马克思主义理论、哲学、政治学、社会学、应用经济学、公共管理6个一级学科硕士学位授权点[1]，这些学科覆盖了哲学、法学、经济学和管理学四大门类，现累计招生人数已超过200人，138人已毕业并取得硕士学位，其中有39人被全日制高等学校录取攻读博士学位。在职研究生培养在规范中稳步发展，毕业生超过万人。
