特别行政区的设立及其制度由全国人民代表大会决定，具体如下：1、中华人民共和国全国人民代表大会是最高国家权力机关。它的常设机关是全国人民代表大会常务委员会；2、全国人民代表大会和全国人民代表大会常务委员会行使国家立法权；3、全国人民代表大会由省、自治区、直辖市、特别行政区和军队选出的代表组成。各少数民族都应当有适当名额的代表。全国人民代表大会代表的选举由全国人民代表大会常务委员会主持。全国人民代表大会代表名额和代表产生办法由法律规定。法律依据《中华人民共和国宪法》第六十二条 全国人民代表大会行使下列职权：（一）修改宪法；（二）监督宪法的实施；（三）制定和修改刑事、民事、国家机构的和其他的基本法律；（四）选举中华人民共和国主席、副主席；（五）根据中华人民共和国主席的提名，决定国务院总理的人选；根据国务院总理的提名，决定国务院副总理、国务委员、各部部长、各委员会主任、审计长、秘书长的人选；（六）选举中央军事委员会主席；根据中央军事委员会主席的提名，决定中央军事委员会其他组成人员的人选；（七）选举国家监察委员会主任；（八）选举最高人民法院院长；（九）选举最高人民检察院检察长；（十）审查和批准国民经济和社会发展计划和计划执行情况的报告；（十一）审查和批准国家的预算和预算执行情况的报告；（十二）改变或者撤销全国人民代表大会常务委员会不适当的决定；（十三）批准省、自治区和直辖市的建置；（十四）决定特别行政区的设立及其制度；（十五）决定战争和和平的问题；（十六）应当由最高国家权力机关行使的其他职权。第六十三条 全国人民代表大会有权罢免下列人员：（一）中华人民共和国主席、副主席；（二）国务院总理、副总理、国务委员、各部部长、各委员会主任、审计长、秘书长；（三）中央军事委员会主席和中央军事委员会其他组成人员；（四）国家监察委员会主任；（五）最高人民法院院长；（六）最高人民检察院检察长。
有权决定特别行政区的设立及其制度的是全国人民代表大会。《宪法》第六十二条 全国人民代表大会行使下列职权：（一）修改宪法（二）监督宪法的实施（三）制定和修改刑事、民事、国家机构的和其他的基本法律（四）选举中华人民共和国主席、副主席（五）根据中华人民共和国主席的提名，决定国务院总理的人选；根据国务院总理的提名，决定国务院副总理、国务委员、各部部长、各委员会主任、审计长、秘书长的人选（六）选举中央军事委员会主席；根据中央军事委员会主席的提名，决定中央军事委员会其他组成人员的人选（七）选举国家监察委员会主任（八）选举最高人民法院院长（九）选举最高人民检察院检察长（十）审查和批准国民经济和社会发展计划和计划执行情况的报告（十一）审查和批准国家的预算和预算执行情况的报告（十二）改变或者撤销全国人民代表大会常务委员会不适当的决定（十三）批准省、自治区和直辖市的建置（十四）决定特别行政区的设立及其制度（十五）决定战争和和平的问题（十六）应当由最高国家权力机关行使的其他职权。
