是：一、性质不同1、横向课题：指企事业单位、兄弟单位委托的各类科技开发、科技服务、科学研究等方面的项目，以及政府部门非常规申报渠道下达的项目。另外，申请文件的承担单位中没有本单位署名的纵向项目，由承担单位转拨本单位的子课题或者外协经费，一般也按横向项目对待。2、纵向课题：指上级科技主管部门或机构批准立项的各类计划(规划)、基金项目，包括：国家级、省部级以及市厅级。二、获取难易程度不同1、横向课题：横向课题来源很广，较容易获得，研究内容可能更贴近社会需要。2、纵向课题：纵向课题是由政府部门(或者受政府部门委托)下达的带有一定的指导性，很难获得。三、评职认定有不同1、横向课题：在科研评价体系中，横向课题一般不被评职称单位认可。2、纵向课题：纵向课题常用于评职称中，即纵向课题是衡量一个单位科研水平的重要指标，横向课题在其中的权重价值就很低了。
横向课题是相对于纵向课题而言。横向课题是指企业的课题，做课题的和企业是平等协商的合同关系。所以叫横向课题。纵向课题是指有各级政府指定的科研行政单位代表政府立项的课题。如：国家科技部、省科技厅、市科技局，国家社科联、省社科联、市社科联，及教育部、教育厅等。横向课题的相关应用横向课题是指各级政府及政府职能部门、企事业单位、社会团体等委托研究的课题 ( 已确认为国家级课题、省部级课题、校级课题的除外) 。包括科学研究类、技术攻关类、决策论证类、设计策划类、软件开发类等。横向课题是学校扩大对外联系，服务地方经济建设，提高科研水平和知名度的重要途径。
