1881年8月，马赫迪的宣传让苏丹总督非常恼怒，他立即命令艾哈迈德到喀土穆解释自己的行为，遭到了他的断然拒绝。苏丹总督怒不可遏，马上派出两百多人的讨伐队前去阿巴岛抓捕马赫迪。马赫迪沉着机智，当即带着一支由农民、渔民和手工业者组成的三百多人的起义队伍撤出村庄，在村外的一片树林里隐蔽起来。1881年8月12日，当讨伐队大摇大摆地进入伏击圈，马赫迪一声令下，手持棍棒、石头的起义者勇猛出击，打得讨伐队溃不成军，丢下一百多具尸体，残余的敌人落荒而逃。 马赫迪首战告捷，揭开了全国武装起义的序幕。但是，他的头脑非常冷静，他深知起义军的力量还很弱小，要避免与强敌过早地交锋，因此，他果断地指挥起义队伍，向西部的卡迪尔山区转移。那里群山连绵，地形险要，周围的穷苦百姓纷纷前来投奔起义军。马赫迪在起义后，率领群众迅速转移到科尔多凡山区。以此为基地，积蓄力量，训练队伍，接连战胜前来讨伐的政府军，并于1883年1月攻占科尔多凡省首府乌拜伊德城。英国以埃及政府名义，派遣前英国驻印度上校军官W.希克斯率军镇压。希克斯与苏丹总督阿拉丁率军1万于1883年9月从白尼罗河上的杜怀姆出发，11月5日在欧拜依德南部的希甘附近的乌拜伊德地区，遭到马赫迪军的伏击，经过一上午的鏖战，敌军除了二百五十人逃生外，其余全被歼灭，希克斯上校和所有的军官都被当场打死。希甘之役（也叫乌拜伊德战役）后，起义军声威大振。12月，达尔富尔省省长、奥地利人R.von斯拉丁投降，赤道省省长、德国人E.施尼策尔退至中非地区，起义者直逼苏丹首府喀土穆。 1884年1月英国政府决定派戈登固守喀土穆，以便等待时机，卷土重来。2月，戈登到达苏丹首府，他先后发布法令、公告，许诺解放奴隶、减税和自治，以图收买人心，另外以英援军即将到来进行恫吓。他还用高官厚禄诱降马赫迪，允诺委任马赫迪为科尔多凡省的统治者，还随信送去了一份委任状和一套华贵的长袍。但被拒绝。与此同时，戈登在喀土穆开挖战壕、修建城墙，在城市周围树起铁丝网，并派武装汽船巡航，加强防卫，以待援军。3月，喀土穆与开罗间的联系中断，4月加扎勒河省省长F.M.勒普顿投降，5月起义军占领北部重要城市柏柏尔，1885年1月26日，马赫迪率军攻下喀土穆，击毙戈登。两天后，英援军被迫撤出苏丹。 经过4年的武装斗争，起义军已占领了苏丹的绝大部分土地，攻下喀土穆之后，以马赫迪为元首，建立起新的马赫迪派国家——马赫迪王国，设首都于恩图曼。在马赫迪之下，任命三大哈里发（继承人之意）。三大哈里发各拥有标志不同的军队，而以哈里发阿卜杜拉权力最大。此外，还设有金库总管及大法官各一名，负责财政及司法事务。为促进经济繁荣，在苏丹历史上第一次发行货币。 1885年6月22日，马赫迪突然逝世。临去世前，他指定哈里发阿卜杜拉作为继承人。阿卜杜拉统治时期（1885～1899），对内粉碎哈里发沙里夫的夺权阴谋，清除政敌在各地的残余势力，成为全国唯一的哈里发，并集军政大权于一身，他还仿照西方国家制度，建立了参众两院制国会，两院国会；对外则坚决抵御外敌入侵。在国家连年战争、饥荒时疫频繁的情况下，捍卫民族独立达13年之久。1896年，使用新式武器的英国殖民军再次向苏丹发动进攻，在1896年9月的栋古拉战役和1898年9月的喀土穆战役中，起义者战败。1898年4月，喀土穆陷落。阿卜杜拉率残部退守科尔多凡省，继续进行游击战，直至战死。1899年英国和埃及签订英埃共管苏丹的协定，苏丹再次丧失独立地位，马赫迪派教徒转入地下活动，成为秘密教派。
19世纪20年代初，苏丹沦为奥斯曼帝国名义上的藩属国——埃及的属地。19世纪70年代，来自欧洲大陆西北部的英国殖民势力侵入埃及，并由此向苏丹渗透。1873年，埃及国王伊斯梅尔帕夏任命英国殖民者C.G.戈登为苏丹总督。为了统治苏丹和蚕食中非地区，戈登网罗一批欧洲探险者、退役军人充当助手。他们横征暴敛，同时以武力镇压人民的不满及反抗，以致苏丹经济凋敝，人民相继逃离。1879年6月，英国胁迫昔日地跨欧亚非三洲的封建军事帝国——奥斯曼帝国素丹废黜伊斯梅尔帕夏，戈登也被迫去职，此后埃及在苏丹的统治机构更陷于瘫痪。马赫迪起义正是在这种形势下发生的。
