上海市儿童医院、上海儿童医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心、复旦大学附属儿科医院、上海交通大学医学院附属新华医院、上海市同济医院、上海交通大学医学院附属仁济医院、复旦大学附属中山医院、上海中医药大学附属龙华医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院。
每个医院都有自己的擅长特色，各有所长，复旦儿科在新生儿方面实力是最强，儿童医学中心在先天性心脏病方面实力最强，儿童医院内分泌，呼吸，ICU实力都很强。新华医院在遗传代谢和传染病，哮喘方面实力最强。
上海儿童专科医院一共四家，上海市儿童医院（在静安区），上海复旦大学附属儿科医院（简称儿科医院，在闵行区），上海交通大学附属儿童医学中心（简称儿童医学中心在浦东），上海新 华医院儿科，就这四家儿童专科医院，综合实力最强的是复旦大学附属儿科医院。最近崛起的是儿童医学中心，年代最久，创建最早的是儿童医院，这四家医院都很不错，各有所长，复旦儿科在新生儿方面实力是最强，儿童医学中心在先天性心脏病方面实力最强，儿童医院内分泌，呼吸，ICU实力都很强。新华医院在遗传代谢和传染病，哮喘方面实力最强。
上海市儿童医院前身是由我国著名儿科专家富文寿及现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈于1937年创办的上海难童医院 。1937年-1940年上海市儿童医院前身——上海难童医院。1940年——1954年上海市儿童医院前身--上海儿童医院。 1953年更名为上海市儿童医院。1954年与上海市儿童保健院合并，更名为上海市儿童医院。1987年10月上海市儿童医院儿童保健所成立，是以降低全市儿童死亡率，提高出生人口素质为目标，以预防为主、防治结合为服务宗旨的保健机构。上海交通大学医学遗传研究所，同时也是上海医学遗传研究所，是我国第一家医学遗传研究所，成立于1990年，其前身是成立于1978的上海市儿童医院医学遗传研究室，1994年11月7日根据上海市卫生局文件精神，在上海市儿童医院原康复科基础上成立了“上海市儿童康复中心”，成为上海首家、全国首批儿童专业医学康复机构。1995年被上海市儿童康复中心残联确认为上海市小儿脑瘫治疗技术指导中心1999年由上海市卫生局批准成立了上海市儿童急救中心，归属于上海交通大学附属儿童医院、上海市儿童医院，为上海市卫生局重点学科，市妇幼保健系统的十大中心之一。2002年2月27日上海市儿童康复中心成立上海市儿童听力障碍监测与康复中心。2003年成为上海交通大学附属儿童医院。2013年4月28日普陀门诊部启用运营。自2014年3月始为儿童康复中心，为患儿提供包括听力残疾、视力残疾、智力残疾、肢体残疾、精神残疾的康复治疗。2014年3月上海市儿童医院泸定路院区投入运营。
上海市儿童医院、上海交通大学医学院附属儿童医院的前身是“难童医院”，由中国著名儿科专家富文寿、中国现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈创建于1937年。院名、院址历经变迁，于1954年与上海市儿童保健院合并更名为上海市儿童医院，2003年3月又正式成为上海交通大学附属儿童医院。拥有一批重点学科，是一所集医疗、教学、科研、保健、康复于一体的三级甲等综合性儿童医院；是上海市文明单位。医院占地面积1.59公顷，建筑面积约2.5万平方米，核定床位300张，职工780余人，年门诊量逾100万人次，住院病人逾1.5万人次。位于普陀区长风生态商务区的新院将于2010年动工，占地面积约39亩，核定床位550张。
