蜂蜜的保质期一般是2年或者18个月。蜂蜜要在低温、避光、密封储存良好的地方进行存储。蜂蜜吃新鲜的是最好的，因为新鲜的蜂蜜色、香、味更佳。假如发现蜂蜜的味道变酸、质地异常变稀或发酵起泡时一定不要继续食用，因为这样的蜂蜜可能已经变质了。
蜂蜜具有很强的抗菌能力，一般是不会腐败变质的食品。但是要注意蜂蜜不能在冰箱里保存，这样会导致蜂蜜沉淀分层的。
研究表明，没有经过加热处理过的蜂蜜能够抵御很多种的细菌的侵入。这样的话，蜂蜜就会有很强的抗菌的能力，若是细菌不能够对蜂蜜进行破坏，那么蜂蜜也就不会轻易变质。
我们常看到的，纯度越高的蜂蜜，就越浓稠。这样的蜂蜜具有着很强的渗透压，所以当细菌想要进入蜂蜜的时候，会因为渗透压没有蜂蜜高，导致细菌一接近蜂蜜，就很容易因为压差引起细胞液的破裂，这个时候细菌就会脱水而死。
产生酸味，蜂蜜变质是会有强烈的酸味，还会有酒味。事实上，蜂蜜大发酵如果控制得当，发酵的蜂蜜就是蜂蜜酒，不过这有技巧，一般蜂蜜不能变成酒。蜂蜜变质后会变得很稀，如果原来蜂蜜很浓稠，那么变质后蜂蜜就会变稀，主要是因为蜂蜜中的糖分全部变成了其他物质，另外蜂蜜在发酵的过程中也会产生水分。
蜂蜜过期三年能不能吃取决于蜂蜜是否变质，但是过期三年了的话，建议以防万一还是不要吃了。对于纯度百分百的蜂蜜,蜂蜜无保质期。如果保存方法得当,蜂蜜一般是不会轻易变质,或干燥成块状,仍然可以食用。
可以，如果放在冰箱中保藏，因为温度过低，常常发现底部会有黄白色的结晶沉淀，这是葡萄糖的结晶，并不影响日常饮用。将蜂蜜长期放置在常温下，不见霉变或质变，主要缘由是蜂蜜对各类菌属有较强的抗菌作用。
