2000年10月14日，深圳市政府与清华大学签署合作创建清华大学深圳研究生院协议书。
2001年6月8日，清华大学深圳研究生院挂牌成立。
2002年12月，清华大学深圳研究生院成立工程学部、信息学部、管理学部和文理学部。
2003年10月，清华大学深圳研究生院入驻深圳大学城。
2004年3月，清华大学深圳研究生院成立生命科学学部。
2010年，清华大学深圳研究生院将五个学部整合调整为生命与健康、能源与环境、信息科学与技术、物流与交通、先进制造、社会科学与管理六个学部；同时，筹建海洋科学与技术学部；规划建设四个创新基地，获得市校批准。
2011年7月，清华大学深圳研究生院海洋学部成立。
2012年1月，清华大学港澳研究中心落户深圳研究生院；4月，清华大学医院管理研究院落户深圳研究生院。
2014年9月，清华大学与伯克利加州大学、深圳市政府签署合作备忘录，依托清华大学研究生院共同创建清华-伯克利深圳学院。
2016年11月，清华大学与深圳市人民政府在广州签署协议，在清华大学深圳研究生院、清华-伯克利深圳学院的办学基础上，共建清华大学深圳国际校区。
2018年12月1日，清华大学与深圳市人民政府全面战略合作框架协议签署仪式在深圳举行。双方将合作共建世界一流水平的清华大学深圳国际研究生院，并依托国际研究生院建设高等环境研究中心。清华大学深圳国际研究生院将融合清华大学深圳研究生院和清华-伯克利深圳学院，开展研究生教育。[1]
办学条件学部设置根据2014年8月学校官网显示，该校设有7个学部。
清华大学深圳研究生院学部设置
生命与健康学部能源与环境学部信息科学与技术学部物流与交通学部先进制造学部海洋科学与技术学部社会科学与管理学部招生专业博士
：土木工程、环境科学与工程、机械工程、仪器科学与技术、管理科学与工程（运筹学与物流）、电气工程、电子科学与技术、信息与通信工程、计算机科学与技术、控制科学与工程、材料科学与工程、物理学、化学、生物学、哲学、艺术学、生物医学工程。学术型硕士：新能源交叉学科、化学生物学（制药）、公共管理学（医院管理方向）、互联网+创新设计、BIO3生命技术。
应用型硕士
：法律硕士、金融硕士、艺术硕士、集成电路工程、机械工程、仪器仪表工程、物流工程、电气工程、电子与通信工程、材料工程、计算机技术工程、控制工程、生物医学工程、环境工程、安全工程、工程管理（MEM）。[2]师资力量根据2019年2月学校官网显示，该校教师以专职教师为主，双基地教师、博士后和兼职教师为辅。有专职教师150余人，博士后70余人，副教授以上职称的双基地教师280余人。[3]
院士（双聘或双基地教师）：
孔祥复、李立浧、卢强、朱静、李龙土、范维澄、南策文、周济、戴琼海、陆建华、吴建平、尤政；[4]国家杰青：
陈道毅；[4]国务院特殊津贴专家：
蒋宇扬、林功实、康飞宇、刘文煌、王兴军；[4]教育部新世纪人才：
何永红、王晓浩、蒋宇扬；[4]深圳市
鹏城学者：
缪立新、黄来强、冯平法、李宝华、金欣、何永红；[4]深圳市“双百计划”：
王蒲生、缪立新、蒋宇扬、王黎明、张雅鸥；[4]人才培养研究生培养
海洋大楼
清华大学深圳研究生院自2001年创建以来，始终遵循“同一学校，同一标准，同一品牌”的准则，按照“国际性、创业型、复合式”的培养目标，努力为中国、特别是深圳及其周边地区的现代化建设培养高层次人才。至2004年12月，全院在读全日制研究生涵盖计算机科学与技术、控制科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、土木工程、电气工程、机械工程、仪器科学与技术、环境科学与工程、材料科学与工程、工业工程、管理科学与工程、工商管理、生物医学工程、法学、物理学、化学、生物学及艺术设计学等二十多个学科方向。在职研究生培养
清华大学是最早在深圳开展在职研究生学历、学位教育的高等学校之一。清华大学深圳研究生院作为清华大学唯一的异地办学机构，多年来秉承“行胜于言”和“严谨、勤奋、求实、创新”的学风，利用深圳的区域优势和创新机制，为深圳及其周边地区培养出大量创业型、实用性高级人才。该院在职攻读工商管理硕士(MBA)、公共管理硕士(MPA)、法律硕士(JM)、工程硕士（包括计算机技术、电子与通信、工业工程、建筑与土木工程、软件工程、环境工程等专业方向）等专业学位以及研究生课程进修班的学生超过900人。一个以全日制理工类研究生为主，兼有在职专业学位教育的高层次人才培养格局已经初步形成。
至2006年末，深圳研究生院已累计招收培养各类学生5550人，其中全日制学生2236人（硕士生1840人，博士生322人）；2006年在校生1800余人（含全日制及在职研究生）,其中全日制研究生1329人。05、06年分别有12名和10名全日制硕士研究生获“清华大学校级优秀硕士学位论文”，各有1名博士研究生获“清华大学校级优秀博士学位论文”，各有1名在职研究生获“清华大学校级优秀学位论文”。这一成果表明，深圳研究生院的研究生培养质量得到了学校和社会的认可。
学术研究科研平台根据2014年8月学校官网显示，该校有国家级科研机构6个、省部共建机构1个、省级机构1个、部级机构2个、市级重点实验室10个、市级工程实验室10个。[5]
级别
名称
国家级国家杂交水稻工程中心清华分中心国家光盘工程研究中心深圳分中心电力系统国家重点实验室深圳研究室信息科学与技术国家重点实验室健康科学与技术国家重点实验室深圳研究生院坚持“顶天、立地、树人”的科研理念，已建成一批国家级、省部级重点实验室分室或分中心，深圳市重点科研机构，与海外高校建立的联合实验室，省部产学研联盟和一些校企合作科研基地。办学16年来，深圳研究生院累计科研经费已突破15亿，专职教师人均超百万元；发表SCI论文2452余篇，EI论文13282余篇，并在Nature等国际权威刊物上发表文章；获国家级奖励7项，省部级71项；申请专利1439余项，获得授权659项。[6]
校园远眺
深圳研究生院依托学校综合优势，发挥“高原”效应；结合深圳区域特色，打造“尖峰”效应；注重交叉综合创新，突出“拳头”效应，把学科实验室和研究基地的建设作为重点工作来抓。截止至2013年，研究生院的学科 布局已初步形成，建设特色学科和发展学科特色的思路进一步明确，一批实体实验室初具规模，成为具有科研创新和教学培养双重功能的基地，已具备承担国家重要科研项目的能力。该院全院下设5个学部：信息、工程、管理、文理、生命科学；已逐步建立起一批学科实验室及科研机构，已建立27个实体实验室，包括1个国家重点实验室深圳研究室、1个省部共建国家重点实验室培育基地、2个国家工程中心分中心、2个省部级科研机构及其分支、13个深圳市重点实验室、9个深圳市工程实验室、5个校级研究机构及其分支；[7]承担着国家“十五”重点科技攻关项目、国家重点基础研究“973”项目、国家“863”重大科技专项，以及国家和广东省自然科学基金重点项目。
此外还有1个广东省创新科研团队、1个深圳市孔雀团队、6个与海外高校建立的联合实验室、2个省部产学研联盟和一些校企合作科研基地。[7]
科研成果学院标志
2011年，清华大学深圳研究生院在科学研究与技术开发上积极探索产学研 合作新模式，将科技创新和资本运作相结合，以技术转移服务城市创新和产业结构调整，促进区域发展方式的转变。该院成立技术转移办公室，与宝安区政府合作组建新能源技术转移中心，以新能源技术、人才为依托，发挥各方优势，面向国际竞争和社会经济发展需要，在新能源材料、新能源电器、低碳技术、新能源产业装备等领域开展新能源技术孵化和转移；制订《创新团队管理暂行办法》，明确创新团队建设目标，在招生名额及办公科研场地分配、实验工程技术人员配备、科研经费管理以及科技工作奖励等方面给予倾斜，明确导向；新组建水与环境安全、新一代互联网、先进制造、软科学研究等4个创新科研团队；一批创新成果在大学城汇报展上展出，获得中共中央政治局委员、广东省委书记汪洋的肯定。全年该院共计到账科研经费1亿多元，承担纵、横向项目250余项，发表三大检索论文400余篇，新申请专利94项、获得授权35项。合作交流2011年清华大学深圳研究生院与俄罗斯西伯利亚工业大学、爱尔兰国立高威大学、法国鲁昂高等电子电力工程学院、日本九州大学、香港中文大学、香港城市大学等知名高校开展合作，联合培养研究生252人。该院与英国南安普敦大学及国际网络科学实验室联盟合作举办网络科学国际联盟年度学术会议之网络科学与产业研讨会，中国、英国、美国、韩国等国内外专家和腾讯、中兴通讯、中国电信等知名企业代表20余人与会，共论互联网科技未来的发展方向；与日本京都大学合作，举办中日环境工程联合研究和教育研讨会暨第三届GCOE项目深圳研讨会及第四届京都大学EML项目研讨会，中国、日本、越南高校及企业代表100余人与会，为促进三国五校学生之间的学术交流提供平台。2011年内，世界低碳城市联盟在芬兰成立，该院院长康飞宇教授被选为联盟首任主席；该院与广东省科学技术厅、芬兰国家技术创新局（TEKES）、深圳市科技工贸和信息化委员会等单位合作，举办第四届中芬“低碳城市生活与节能减排创新”论坛，中国、芬兰、日本、韩国等150余人与会，推动中芬在低碳城市生活与节能减排领域的广泛交流与合作。
校园环境教学场所清华大学深圳研究生院座落在风光秀丽的西丽湖畔、塘朗山下；野生动物园绿山秀亭，北邻紧靠；大沙河清水碧波，在校园里缓缓穿流；近春园的荷塘月色再现于南国校园，倒映出周边的湖光山色；湖岸上的观景台亭亭玉立，居高远眺，大学城美景尽收眼底；湖边楼前，匠心独运，风格造型各异的雕塑点缀其间，自然与人文融为一体，历史和现代交相辉映；校园内绿草美树，清芬秀丽，可媲美于北京清华园的绿色景观。[7]
在占地20万平米的校区内，建筑面积约10万平米的教学楼、办公楼、学科楼、学生宿舍楼、活动中心楼鳞次栉比，错落有致。晴雨皆宜的双层800米长廊曲径通幽，将自成体系的楼宇连接起来，楼楼相望，互成景观。规模为深圳市第二、拥有150万册馆藏书籍、以科技类和外语类为特色的大学城图书馆，横跨波光涟漪的大沙河，沟通大学城北大与清华园区，如蓄势欲飞的巨龙，气势宏大，成为大学城一道靓丽的风景线。[7]
清华校区内，按国际一流标准建设的网络智能教室、音视教室、双向远程教室、直播室、模拟法庭、可容纳500人的会议厅及公寓、餐厅、体育运动场等，可为3000名研究生提供高水平的学习、工作和生活环境。[7]
文体设施清华园区内设有羽毛球场地（K楼）、乒乓球场地（C楼）、健身房等文体设施。[8]
健身房地点位于研究生院足球场看台下方，内部设有的健身器材包括肩部训练器、扩胸训练器、坐姿划船训练器、扭腰训练器、前踢腿训练器、深蹲训练架、平卧推举训练器、上斜推举训练健身器、哑铃架、训练椅、腹肌训练器、罗马凳、杠铃片等。[8]
文化传统精神传承校训
自强不息、厚德载物校风
行胜于言学风
严谨、勤奋、求实、创新学院定位充分发挥清华大学的学科优势和深圳的区域优势，面向深圳区域经济和社会发展特别是高新技术产业发展的需要，培养高层次人才，探索和发展新型的高校—政府—企业在人才培养和科技创新方面的合作机制。
办学目标深圳研究生院坚持教育创新，育人为本，培养“国际性、创业型、复合式”的高层次人才；研究生院的总体目标是建成高层次、综合性、研究型的学院，以培养理工类研究生为主，发展成为创新人才培养和前沿科学研究的重要基地。
研院领导职位
姓名
院长康飞宇党委书记、副院长武晓峰副院长夏广志、马岚、王晓浩、张林党委副书记杨瑞东、关添