出生后被外祖父近卫尚通收为犹子；而兄长义辉早已被立为嗣子，根据当时足利将军家的惯例，未能获得嗣子地位的将军之子都要出家，因此被送入佛门，同年入奈良兴福寺一乘院出家，取名觉庆，拜门迹觉誉为师。
永禄五年（1562）师傅觉誉去世，觉庆继任一乘院门迹。
足利义昭浮世绘
永禄八年（1565）5月19日觉庆的兄长十三代将军足利义辉遭暗杀，并将其暂时囚禁在兴福寺。在觉庆等着受死时，前将军义辉的旧臣细川藤孝向他伸出了援救之手。觉庆在藤孝精心的安排下逃离一乘院，藏身在近江六角义贤的部下甲贺和田惟政家中。4月21日被叙为从五位下左马头的官位。觉庆向越后上杉氏、甲斐武田氏、萨摩岛津氏等分别送出了请求援助的书信，并号召各地的势力支持自己成为下届将军。此后，诸侯们的使者常有往来。永禄八年（1565）11月觉庆移居到琵琶湖畔的矢岛城。
将军之路永禄9年（1566年）2月17日还俗，改名足利义秋。8月前往投奔武田义统，前往若狭国。8月29日义秋渡过琵琶湖，往武田氏的领国若狭而去。但当时若狭武田氏正处于家督争夺和重臣谋反的内乱中，无法上洛支援义秋；武田义统仅派遣了弟弟武田信景前往追随义秋。足利义秋只得前往越前国，请求朝仓义景（仁木义政的亲族）出兵上洛。足利义秋上奏朝廷，将义景的母亲封为从二位官位。
永禄十年（1567）12月义秋移居朝仓氏一乘谷城的安养寺。
永禄十一年（1568年）4月15日在越前举行元服礼，由朝仓义景担任加冠役。同时由于“秋”字不吉利，改名义昭。
永禄十一年（1568）2月就任第十四代征夷大将军。
再兴幕府足利义昭二条御所遗址
永禄十一年（1568年）9月织田信长拥护足利义昭上洛，途中又受到了美浓斋藤氏、北近江浅井氏、南近江六角氏等势力的支持，顺利到达京都。10月18日朝廷封足利义昭为征夷大将军，同时叙从四位下参议兼左近卫权中将的官位。就任将军的义昭下令将对暗杀义辉持纵容态度、怂恿天皇封足利义荣为将军的近卫前久流放，并让二条晴良复任关白之职。义昭又将自己的偏讳授予管领细川昭元、畠山昭高，以及关白家的二条昭实，试图巩固自己的统治，掌握了兄长义辉所拥有的山城国御料所。同时在政务上义昭任命摄津晴门为政所执事，任命饭尾昭连、松田藤弘等为奉公众，再兴幕府。永禄十二年（1569年）正月织田信长率部返回美浓、尾张时，三好长逸和斋藤龙兴突袭本圀寺，一度包围了足利义昭，后幸有织田信长前来解围。4月14日义昭搬入了信长为他建造的二条御所。同年6月就任权大纳言。
对立织田但是，幕府开立后并不能按义昭先前的意愿来运作，立在他前面的障壁就是他得以上洛的功劳者——织田信长。足利义昭依据当初的许诺，就任将军之后，在10月24日给予织田信长“御父织田弹正忠（信长）殿”的尊称，以寻求信长对幕府的支持。同时义昭对其他武将论功行赏，池田胜正被任命为摄津守护，畠山高政、三好义继各被封为河内半国守护。足利义昭一心想要复兴室町幕府，而织田信长则有用武力统一天下的野心，因此两者最终关系逐渐恶化。织田信长为了限制将军的权力。
永禄十二年（1569年）正月颁布了《殿中御掟》9条，并胁迫义昭承认。
元龟元年（1570年）4月，织田信长讨伐越前大名朝仓义景，但就在此时织田氏的同盟浅井长政与信长反目，导致信长大败。早已对信长的专横十分不满的足利义昭趁机与信长决裂。
元龟二年（1571年）左右向上杉辉虎（谦信）、毛利辉元、本愿寺显如、武田信玄、六角义贤等大名发出御内书，形成了信长包围网。
元龟三年（1572年）10月信长向义昭送达了17条意见状，批评了义昭的一些举措。此时东方的武田信玄率兵进军京都，12月22日在三方原之战中击破了织田信长的盟友德川家康，信长陷入窘境。足利义昭趁机任命宠臣山冈景友（六角义贤的重臣以及幕府的奉公众）为山城半国守护。
元龟四年（1573年）正月，信长欲遣子入质于义昭以求和解，但遭义昭的拒绝。足利义昭在近江的今坚田城和石山城为幕府军的据点，举起反对信长的旗帜，但数日后两城皆被攻陷。4月5日在正亲町天皇敕命下，双方讲和。7月3日宣布背弃和约，在三渊藤英、伊势贞兴以及公家奉公众的簇拥下逃往南山城的要害槇岛城（山城国的守护所）举兵。7月18日织田军开始攻城，槇岛城的建筑被破坏，足利义昭以自己的儿子义寻为人质，向织田信长投降。义昭本人也被信长追放。
被逐出京信长将足利义昭逐出京都后，并将足利将军家在山城、丹波、近江、若狭等地的御料所据为己有，长期保持着征夷大将军的官位。
天正元年8月（即1573年。元龟4年7月28日，改元天正）虽被放逐后，退往枇杷庄（今京都府城阳市），在本愿寺显如的介绍下前往河内国三好义继的处点若江城，以羽柴秀吉担任护卫。仍开设幕政，以伊势氏、高氏、一色氏、上野氏、细川氏、大馆氏、饭尾氏、松田氏、大草氏等势力为幕府的中枢，组成了奉公众和奉行众，并授予近臣和大名室町幕府中的官职。11月5日移驾到和泉国的堺。足利义昭曾提出要返回京都，但织田信长提出人质的要求，最终交涉决裂。
1574年移驾纪伊国兴国寺，又移驾泊城。
1576年（天正4年）移驾到毛利辉元辖下备后国的鞆。虽然室町幕府已经灭亡，足利义昭却不愿就此善罢甘休，他要重新上洛。于是义昭马上联络毛利氏请求援助。但是毛利氏并没有要与信长为敌的意向，他们只是派遣了安国寺惠琼，去充当信长与义昭之间的和平交涉调解者。11月9日在信长的使者木下秀吉与惠琼进行和平交涉期间，义昭由若江城移往和泉的堺。后来信长倒是对义昭回归京都之事作出了承诺，义昭却得寸进尺向信长提出归还人质的要求，结果交涉破裂。之后义昭向惠琼表达了想去毛利氏领国的希望，但被惠琼拒绝。2月8日前往毛利氏支配下的备后鞆。
1577年上杉谦信在手取川之战击破织田军，足利义昭趁此好机欲返回京都，寻求毛利辉元的支持；另一方面 寻求羽柴秀吉和柴田胜家的支持。毛利氏中亲秀吉派的小早川隆景等极力反对送义昭到京都，认为这样会使羽柴氏和毛利氏之间关系冷淡。
1583年（天正11年）毛利辉元、柴田胜家、德川家康着手筹备支持义昭上洛。
1587年（天正15年）丰臣秀吉在九州征伐期间途经备后国沼隈郡的津之郡村，在田边寺访问了足利义昭，二人交换了太刀。
1588年2月9日（天正16年1月13日）与关白丰臣秀吉一起参见了正亲町天皇，辞去了征夷大将军之职并出家，法号昌山。朝廷给予其准三后的待遇。
文禄元年（1592）随秀吉出征肥前名护屋。此后放弃了“征夷大将军”称号的昌山随秀吉转战各地，更成为武家之栋梁。
庆长二年（1597）8月28日昌山因肿疮之病死于大阪，享年61岁。法号灵阳院昌山道久。
艺术形象文学形象《佐渡流人行》松本清张著
《御所车最後の将军?足利义昭》
《足利义昭流れ公方记》水上勉著
《将军の星 义辉异闻》宫本昌孝著
《戦国毒馒头ハンベエ》江茂タツキ著
影视形象时间电影、电视剧饰演者1979年战国自卫队铃木瑞穗1965年太阁记市村家橘1969年天と地と大出俊1973年国盗り物语伊丹十三1978年黄金の日日松桥登