1、科属区别：上文已经介绍过，花斑鱼和石斑鱼是相差比较大的两种鱼，所属的科是不同的。具体来看，花斑鱼属于慈鲷科，但石斑鱼则属于鮨科。
2、体型区别：从外观特征来看，花斑鱼和石斑鱼的体型差异比较大。花斑鱼的体型相对来说比较小，它们的长度仅有55厘米左右。但石斑鱼的体型则大得多，体长可以达到1米以上，有的甚至可以达到2米左右。
3、生活环境区别：花斑鱼和石斑鱼生活在不同的水环境中。花斑鱼属于淡水鱼，一直生活在溪流、湖泊等淡水中，但石斑鱼则生活在海水中，是海产鱼类。
4、分布地域区别：花斑鱼和石斑鱼分布的水域范围也不同，相比之下石斑鱼分布更广，因为它们在印度洋、大西洋以及太平洋广泛的海域之中都有。
5、别称区别：二者各自有不同的别称。花斑鱼还被称为“花老虎”，石斑鱼还被称为“鲙鱼”。
